绿色食品认证的申请人必须是企业法人，社会团体、民间组织、政府和行政机构等不可作为绿色食品的申请人。同时，还要求申请人具备以下条件：1.具备绿色食品生产的环境条件和技术条件；2.生产具备一定规模，具有较完善的质量管理体系和较强的抗风险能力；3.加工企业须生产经营一年以上方可受理申请；批发市场、粮库，纯属商业经营的企业（如百货大楼、超市等）不能作为申请人。
认证程序：企业提交认证申请，包括《绿色食品标志使用申请书》和《企业及生产情况调查表》、保证执行绿色食品标准和规范的声明、生产操作规程、公司对“基地+农户”的质量控制措施、产品执行标准、注册商标复印件、企业营业执照复印件、企业质量管理手册等。企业可先向所在县绿色食品办公室提交申请，也可直接向省绿色食品办公室提交申请。
受理后，省绿色食品办公室组织现场检查、产品抽样，再开展环境监测、产品检测；然后将相关材料报中国绿色食品发展中心审核，合格后由中国绿色食品发展中心颁证。认证评审一般每月一次。