绿色市场认证共涉及两个标准，分别针对批发市场、零售市场。《农副产品绿色批发市场》（GB/T 19220－2003）标准主要侧重于场地环境、设施设备、商品质量、商品管理、交易管理、市场管理、市场信用。《农副产品绿色零售市场》（GB/T 19221—2003）标准主要侧重于场地环境、设施设备。商品质量、商品管理、现场食品加工、定牌食品生产、市场管理、市场信用。其中，交易管理是批发市场的专有条款，而现场食品加工。定牌食品生产是零售市场的专有条款其他管理要求相似。归纳起来，认证标准关注三项内容，即硬件及环境、软件服务管理、商品质量检测。因此，进行审核前，应首先对申请绿色市场认证的组织进行识别，确认其更适用于哪一个认证标准。在审核过程中，应关注以下要点。
一．关注绿色市场认证的特有理念
绿色市场认证涉及三个重要理念，即绿色、信用、市场准人。绿色市场认证引人绿色概念，标准中突出的就是绿色，审核时应侧重于绿色的内涵，也就是卫生、安全、环保。同时，引人市场信用的概念，形成以道德为支撑、以法律为保障的社会信用制度。实行严格的市场准人，是保障农副产品安全流通和消费的有效措施，保证食品安全问题可追溯，实现农副产品入市前的“场地挂钩沛场与生产基地挂钩）”、“场厂挂钩（市场与加工厂挂钩）”。在审核过程中，一定要时时关注上述三个理念，并贯穿到每一个审核过程之中。
二、关注绿色市场认证涉及的标准
绿色市场认证对场地环境提出了硬性要求：空气环境清新、无异味，符合GB 3095－1996环境空气质量标准》，必要时进行空气质量监测。市场内污水排放应符合GB 8978—1996《 污水综合排放标准》，各种冷库条件应符合《GB 50072－2001冷库设计规范》。市场内批发零售的农副产品应符合无公害安全要求，涉及的标准有GB 184061－2001农产品安全质量 无公害蔬菜安全要求》。GB 184062－2001农产品安全质量 无公害水果安全要求》。GB 184063－2001农产品安全质量 无公害畜禽肉产品安全要求》、GB 184064－2001农产品安全质量 无公害水产品安全要求》。食品销售及加工人员个人卫生与健康应符合GB 14881－1994《食品企业通用卫生规范》的有关规定。
三、关注标准中关键条款的要求
《农副产品绿色批发市场》标准的关键审核点有4个，即场地环境、设施设备、商品管理、市场管理。《农副产品绿色零售市场》关键审核点有5个，即场地环境、设施设备、商品管理、现场食品加工、市场管理。上述条款是认证标准的核心要求，必须安排充分的审核时间，选择经验丰富的审核人员；审核记录应重点描述，这是评价绿色市场管理体系符合性。有效性的关键证据。
四、关注入市商品主要质旦指标的验证或检测
绿色市场要求经营的商品必须是卫生安全的，因此要重点关注商品质量及进货来源。根据标准要求，对进人绿色市场的商品实行市场准人制度。只有经合法认证机构认证或符合农产品质量安全要求的农副产品才能进入市场，转基因食品要标识清楚。对上述商品，可以通过验证商品检测报告、合格证书等形式进行确认。要考虑商品是否来源于稳固安全的食品货源基地，能否实现“场地挂钩”、“场厂挂钩”，目的是确保食品安全问题可追溯。对于那些没有经过认证或没有证据表明符合农产品安全质量要求的商品，必须进行抽样检测。对于蔬菜、水果类商品，至少应检测有机磷类和氨基甲酸酯类农药残留。对于肉类商品，至少应检测水分含量和微生物含量。因此，绿色市场必须设有具备快速检测农药残留能力的检测室，并配备农药残留、微生物检测仪器，而巨检测仪器需检定合格。
五、关注几个定量性数据的审核
对于绿色市场认证明确提出的数据性要求，必须在现场审核中进行验证和判断。应对市场1km周边范围内的有害气体、烟雾、粉尘等污染进行跟踪，确认是否存在易燃、易爆、危险品。对市场绿化面积进行估算或验证，应不少于市场总面积的5％。认证标准对交易棚／厅提出了特殊要求，宜采用单层建筑、大跨度、大空间钢筋混凝上结构或轻钢结构，柱距不小于6m，净高不低于45m。生鲜蔬菜、水果贮藏应配备保鲜冷库，库容不小于年交易量的05％；肉类、水产品贮藏配备低温冷库或冷藏设施，库容不小于年交易量的1％。因此，要对上述实际库容进行验证。
六、关注上级部门出具的合法经营证明
绿色市场重要的一点是市场信用，认证标准中明确要求市场能够通过电子屏幕及时公示市场交易情况，经销商违规行为和处理结果，并建立经销商违规处罚和违规退出制度，无欺诈顾客、违规经营情况；建立定期监督制度，设立投诉办公室，抽查欺诈、违规经营、偷税漏税、欠税情况，3年内无违法记录；必要时，需要相关行政部门开具合法经营证明。对于绿色零售市场，涉及的现场食品加工问题，必须持有相关部门核发的经营执照和卫生许可证。这些要求必须在现场加以重点审核。
七、关注管理文件的符合性
绿色市场认证标准对文件要求作出了明确现定，应编制《市场管理工作手册》，内容包括市场管理工作流程、各部门管理制度、市场硬件设施管理、商品质量管理。商品检测管理、经销商管理、现场食品加工管理、定牌食品生产管理、工作人员培训管理、环境卫生管理等。
标准要求必须明确市场最高管理者为农副产品质量安全的第一责任人，但对程序文件没有作出明确规定， 记录可以结合市场实际编制。上述内容在文件审核时要重点关注，尤其要关注设施设备等硬件，以及在污水排放、空气质量、检测手段等方面是否满足标准要求。
八、关注与其他管理体系的兼容
绿色市场管理体系虽然具有行业特点，但其管理内容与其他管理体系有着密切的兼容关系。比如，商品进货及检验、人员能力及培训、顾客投诉及满意度、商品抽样检测、标识、人流物流、物品储存等，与ISO 9001标准的要求兼容；设施设备、卫生操作规范等，与HACCP体系中的GMP。SSOP兼容；空气环境卫生、市场环境管理、市场污水排放、垃圾分类收集和处理等，与ISO 14001标准兼容。因此，进行绿色市场认证审核，可以参照上述管理体系标准及其管理思想，上述管理体系完全可以与绿色市场管理体系整合在一起。
九、关注审核记录及审核报告的不同
在审核记录中，首先要对绿色市场管理体系进行客观评价，将评定结果填写在《农副产品绿色批发市场标准审核细则》或《农副产品绿色零售市场标准审核细则》中。上述审核细则从审核项目、评审内容、评审要点、审核方法等方面作出了明确规定，评定结果分为符合、一般不符合、严重不符合三种情况。认证机构可以结合受审核方现有其他管理体系编制统一的检查表，将审核的详细信息记录在统一的检查表上，在审核细则中只记载三种情况的评定结果；而不必具体描述审核信息。
绿色市场认证的审核报告要充分体现绿色、信用、市场准人等特点，对关键条款进行重点评述，在客观、公正的基础上突出绿色市场的行业特点。