绿色食品标志是经中国绿色食品发展中心注册的质量证明商标，企业如需在生产的产品上使用绿色食品标志，必须按以下程序提出申请：
（一）申请人向所在省绿办提交正式的书面申请，并填写《绿色食品标志使用申请书》（一式两份）、《企业生产情况调查表》。
（二）各省绿办将依据企业的申请，委派至少两名绿色食品标志专职管理人员赴企业进行实地考察。考察合格者，将委托定点的环境监督部门对申报产品或产品原料环境进行监测。
（三）省绿办结合考察情况及环境监测和现状评价结果对申请材料进行初审，并将初审合格的材料上报中国绿色食品发展中心。
（四）中国绿色食品发展中心对上报材料进行审核。审核合格者，由省绿办对申报产品进行抽样，并由定点的食品检测机构依据绿色食品产品标准进行检测。不合格者，当年不再受理其申请。
（五）中国绿色食品发展中心对检测的产品进行终审。
（六）终审合格者的企业与由中国绿色食品展中心签定绿色食品标志许可使用合同。不合格者，当年不再受理其申请。
（七）中国绿色食品发展中心对上述合格的产品进行编号，并颁发绿色食品标志使用证书。
（八）申报企业对环境监测结果和产品检测结果有异议，可以向中国绿色食品发展中心提出仲裁检测。