为保证有机产品的可追溯性，国家认监委要求认证机构在向获得有机产品认证的企业发放认证标志或允许有机生产企业在产品标签上印制有机产品认证标志前，必须按照统一编码要求赋予每枚认证标志的一个唯一编码，该编码由17位数字组成，其中认证机构代码3位、认证标志发放年份代码2位、认证标志发放随机码12 ，并且要求在17位数字前加“有机码”三个字。每一枚有机标志的有机码都需要报送到“中国食品农产品认证信息系统”（网址http://food.cnca.cn），任何个人都可以在该网站上查到该枚有机标志对应的有机产品名称、认证证书编号、获证企业等信息。
（一）认证机构代码（3位）
认证机构代码由认证机构批准号后三位代码形成。内资认证机构为该认证机构批准号的3位阿拉伯数字批准流水号；外资认证机构为：9+该认证机构批准号的2位阿拉伯数字批准流水号。
（二）认证标志发放年份代码（2位）
采用年份的最后2位数字，例如2011年为11。
（三）认证标志发放随机码（12位）
该代码是认证机构发放认证标志数量的12位阿拉伯数字随机号码。数字产生的随机规则由各认证机构自行制定。