随着市场竞争的日趋激烈，企业除了技术、管理、价格、服务等方面的竞争外，也非常重视质量方面的竞争。ISO9001与HACCP体系是目前食品企业质量管理的两大重要管理体系。目前，人们在注重营养、卫生的同时，对食品安全性问题越来越重视，许多已建立或通过ISO9001质量管理体系的企业，也迫切希望通过建立HACCP体系，进一步提升自己的质量管理水平，为消费者提供营养、卫生、安全的食品，以满足市场需求。因此，在食品生产企业中同时建立ISO9001体系与HACCP体系是社会的需要。
ISO9001质量管理体系是各类组织按照ISO9000族标准建立的质量管理和质量保证体系。HACCP体系是以HACCP的七个原则为基础建立的食品安全体系。两者都是以对质量进行管理为目的，但侧重点不同。
ISO9001－2000采用过程方法，以全面质量管理为主，只为组织的质量管理活动搭建框架。HACCP体系以预防控制，过程监测与纠偏为主，重点控制对人体产生危害的因素，而非所有影响产品质量的因素。如：食品中有可能沾有头发，这个因素头发不会对人体产生任何危害，只是使人恶心或厌恶，它就不属于HACCP体系中的关键控制点所控制因素，而属于ISO9001体系产品质量特性中不允许有肉眼可见杂质控制对象。
管理体系往往自成一体，为两个管理体系各准备一套文件、一套人员，往往相互牵扯，有时甚至相互排斥，为组织的管理工作带来一些负面影响。因此，将这两个管理体系加以整合，形成有共同目标，共同管理方法的一体化管理体系，将有利于企业有效地策划和配置资源，减少管理成本，提高管理的有效性和效率。ISO9001－2000质量管理体系是针对全面质量因素的体系，范畴广，内容包含HACCP体系中所要求的危害因素。因此，对于建立这两种体系的食品企业，通过优化整合，建立一套适合这两大体系的管理体系，是可行的。既可使企业满足我国和进口国的法规要求，又可增加国内外客户和消费者对企业产品的信任程度；既可有效地预防和控制食品安全危害，又可使食品质量得到全面、大幅度的提高；既可达到扩展市场的目的，又可大大降低企业的管理成本。