1 ．必须根据有机 ( 天然 ) 食品的类型、特性、运输季节、距离以及产品保质贮藏的要求选择不同的运输工具。
2 ．用来运输有机 ( 天然 ) 食品的工具 ( 包括车辆、轮船、飞机等 ) 在装入有机 ( 天然 ) 食品之前必须清洗干净，必要时进行灭菌消毒，必须用无污染的材料装运有机 ( 天然 ) 食品。
3 ．装运前必须进行食品质量检查．在食品、标签与帐单三者相符合的情况下才能装运。
4 。装运过程中所用的工具应清洁卫生，不允许含有化学物品。禁止带入有污染或潜在污染的化学物品。
5 ．运输包装必须符合有机 ( 天然 ) 食品的包装规定，在运输包装的两端，应有明显的运输标志，内容包括：始发站、到达站 ( 港 ) 名称、品名、数量、重量、体积、收 ( 发 ) 货单位名称以及有机 ( 天然 ) 食品标志。
6 ．不同种类的有机 ( 天然 ) 食品运输时必须严格分开，不允许性质相反和互相串味的食品混装在一个车 ( 箱 ) 中。
7 ．填写有机 ( 天然 ) 食品运输单据时，要做到字迹清楚、内容准确、项目齐全。
8 。有机 ( 天然 ) 食品装车 ( 船、箱 ) 前，应认真检查车 ( 船、箱 ) 体状况。对不清洁、不安全，装过化学品、危险品或者未按合同所规定提供车 ( 船、箱 ) 的必须及时提交运输部门进行清洁、消毒或调换，符合要求后才能装入有机 ( 天然 ) 食品．
9 ．有机 ( 天然 ) 食品的运输必须专车专用。尤其是长途运输的粮食、蔬菜和鱼类必须有严格的管理措施．在无专车的情况下，必须采用有密闭的包装容器．容易腐烂的食品 [ 肉、蛋、鱼 ) 必须用专用密封冷藏车装运。运输有机活禽畜和肉制品的车辆应分开。严禁有机食品与化肥、农药以及化学物品一起运输。
10 ．有机乳制品应在低温或冷藏条件下运输，严禁与任何化学物品或其它有害、有毒、有气味的物品一起运输。