1. 认证机构现场检查。是指对认证机构的认证过程和认证结果有效性的监督检查。检查的依据是认证基本规范和认证实施规则，如可以对认证机构管理体系、认证程序、认证档案进行检查，还可采用见证监管的形式，即在认证机构对申请认证组织现场检查/评审时，由监管人员见证其检查评审过。对认证机构开展认证活动的监管要特别注意认证机构是否有超出认证机构批准资质范围开展认证，对认证实施规则规定的产品种类外产品和企业开展认证，及增加、减少、遗漏认证实施规则规定的程序的情况。认证机构应满足《食品农产品认证机构注册人员数量及专业要求》（国认注[2010]11 号）的最新要求。
2. 获证企业现场检查。检查依据是认证基本规范和产品/体系标准。对企业的生产活动进行检查，一是可以验证企业和产品是否持续符合认证依据标准，二是可以验证认证机构认证活动开展情况。对企业的检查要在充分了解标准，掌握标准基本要点的基础上进行。
3. 对获证产品进行检查。 对获证产品的检查主要涉及产品认证标识的使用情况和产品是否符合标准规定的质量标准。认证标识监管主要针对有机产品、绿色食品、无公害农产品认证等产品认证和其他体系、服务认证的产品认证标志和认证宣传用语使用符合法规情况进行检查；产品检测主要是对获认证产品按产品检测标准进行检测，以验证产品在安全、质量方面符合认证标准情况。对获证产品进行检查，既可在生产企业进行，也可在流通领域如商场超市进行。能否在流通领域就认证违法行为进行执法，各地有所不同，不管如何，流通领域获证产品标识的使用是对认证活动的最终体现，从流通领域可以获得认证产品是否符合标准要求的信息，为对认证活动监管进行监管提供线索。
根据当前食品农产品认证发展现状，要重点查处获证组织、产品不能持续符合认证标准要求，买证、卖证，超期、超范围使用认证证书、认证标志；认证机构未依法有效实施跟踪调查、超范围认证，增加、减少、遗漏认证基本规范、认证规则规定程序等违法、违规行为。