有害生物风险分析的核心内容是风险评估和风险管理。有害生物风险评估是指：“确定有害生物是否为检疫性有害生物并评价其传入的可能性。”有害生物风险管理是指：“为降低检疫性有害生物传入风险的决策过程。”
1．起始通过识别有害生物及其环境条件界定其危害。
（1）起点。有害生物风险分析可以由以下3种活动开始：查明有潜在有害生物的途径；查明可能需要采取植物卫生措施的有害生物；审议或修改植物卫生政策和重点活动。
（2）确定有害生物风险分析地区。应尽可能确切地确定有害生物风险分析区，以便收集这些地区的信息。
（3）信息收集和审查早先的有害生物风险分析。收集各种有关信息，包括有害生物的特性、分布、寄主、与商品的联系等。信息可以有各种来源，提供有害生物状况的官方信息是IPPC成员应履行的义务，因此可以通过其官方联络点索取。应当检查是否已经进行了有害生物风险分析。若已经做过，要核实其有效性。
2．有害生物风险分析首先要确定有害生物是否是检验性有害生物，即是否对受威胁的地区具有潜在的经济重要性（经济重要危害性标准）、但尚未在该地区发生，或虽已发生但分布不广（地域标准）并进行官方控制。可以得出风险是否可以接受以及是否需要和可能降低的结论。如果是超过了一个国家所确定的适当的保护水平的风险是不可接受的风险。
（1）有害生物分类。明确有害生物的特性，核实其是否存在于分析地区，其管制状况如何，定殖和扩散潜力及经济影响潜力怎样。
（2）评估传入和扩散的可能性。评价有害生物进入的可能性、定殖的可能性和定殖后扩散的可能性。查明有害生物风险分析地区中生态因子利于有害生物定殖的地区，以确定受威胁地区。
（3）评估潜在的经济影响。考虑有害生物的影响，包括直接影响（对有害生物分析地区潜在寄主或特定寄主的影响，如产量损失、控制成本等）和间接影响（如对市场的影响、社会的影响等），分析经济影响（包括商业影响、非商业影响和环境影响），查明有害生物风险分析地区中有害生物的存在将造成重大经济损失的地区。
3．有害生物风险管理确认可以降低风险的选择方案，评价这些方案的效率和影响，并决定或推荐可以接受的降低风险的措施。
（1）风险水平及其可接受性。根据所确定的适当的保护水平，如果风险不能接受，就需要考虑将风险降低到可接受的水平或低于可接受水平的植物卫生措施。
（2）确定和选择适当的风险管理方案。考虑选择各种植物卫生措施和各种植物卫生措施的组合，包括：应用于货物的措施、为阻止或减少在作物中蔓延的措施和确保生产地区、产地或生长点或作物没有有害生物的措施，国内的控制措施以及禁止输入的措施。
（3）植物卫生证书和其他遵守措施。考虑适当的遵守措施，包括出口验证，要求在植物卫生证书中证实执行了风险管理的措施。
风险分析不是一个简单的过程，在选择有效的降低风险的风险管理方案时，要运用风险评估结果所决定的风险控制方法及其对风险的削减程度。在风险评估中可以确定采取措施前的基准风险水平，在风险管理中将这一基准风险水平与采取措施降低后的风险相比较，测定植物卫生措施的有效性。
风险评估和风险管理之间有着直接的依赖关系，且本质上都具有分析的特性。风险管理的意义在于对降低风险的方案的识别和评价，虽然广义上风险管理也包括决策制订和实施（运作方面），以及在实践中降低风险的工作系统，但通常并不认为是风险分析过程的一个组成部分。
有害生物风险分析要确认风险评估和降低风险的风险管理措施相关的“不确定性”，明确不确定性的领域和不确定性的程度。不确定性是由于信息的不完整或可获得的信息的不断变化造成的。确认不确定性的目的是给决策者提供尽可能完整和客观的意见。