一是个别企业在HACCP体系认证中存在急功近利的心态。一些企业为了通过认证取得更多订单、扩大市场，只考虑认证证书所带来的商业效益，而不从管理上真正投入人力、物力、财力、技术设备，管理人员对HACCP原理和体系的基础条件知之甚少。
二是HACCP体系与实际操作存在“两张皮”现象。有些企业，虽已建立起HACCP体系，但不能按其要求和规定来运行和控制。
三是培训缺乏有效性。
四是企业缺乏完整的相关资料。一些企业对自己行业必备的法规收集不全，对产品所需的技术标准、检测标准更新不及时，导致企业制定HACCP计划时对每个关键控制点确定控制危害的生物的、化学的、物理的参数缺少足够的科学依据。
五是文件编写中存在问题。一些企业在编写体系文件(HACCP计划、良好作业规范、卫生标准操作程序)时，不是根据有关法律法规的要求，结合企业自身的情况，而是过多地借鉴甚至照抄照搬其他企业的文件，造成体系文件的针对性和操作性不强；或由于编写的文件过于繁琐，导致在实际工作中实施困难；或者在企业情况发生变化后，而文件没有及时进行修订；或者由咨询机构包办体系文件的编写，使企业有关人员对体系文件的理解及体系的运行了解不透，导致“两张皮”现象的发生。
六是咨询、认证机构良莠不齐。
为了有效推广HACCP体系，切实保证食品安全和认证质量，提高HACCP体系运行有效性，提高HACCP体系认证质量，应着重解决以下几方面的问题：
首先，食品生产企业必须充分认识建立HACCP体系和认证的重要性和必要性。食品加工企业要想在国际大市场中占有一席之地，必须通过HACCP认证。所以，食品生产企业必须提高对本企业建立HACCP体系和认证重要性和必要性的认识，积极参与HACCP体系建立和认证，以此来提高企业的自身管理水平和产品安全质量水平。
第二，企业在建立HACCP体系后，要杜绝“两张皮”现象的发生，切实把体系建设和企业质量管理紧密结合起来，在“实用”和“有效”上下功夫，从工作策划、知识培训到现场分析，从文件编写到实际操作，从内部审核到管理评审，每项程序和制度都应和企业的实际紧密结合起来，真正起到规范生产、确保产品安全的效果。
第三，要加强培训，提高全员素质。HACCP体系运行的好与坏，归根结底取决于人员的素质。企业HACCP小组要根据不同管理层对知识的理解和运用程度，结合实际情况，进行培训。培训中要有所侧重，有的放矢，如HACCP小组的人员仅靠咨询机构的培训是远远不够的，还应该参加权威部门(如国家质检总局和地方检验检疫机构)举办的培训。培训要根据体系运行的需要和体系在运行的各阶段进行有重点的培训，包括初期对全体员工进行的HACCP基本知识培训等。培训后，可采取相应的考核方式，使员工真正理解企业建立HACCP体系的重要性，学会在实际工作中如何规范操作。
第四，建议食品生产加工企业同时建立HACCP体系和ISO9000质量体系。如果企业在ISO9000质量体系基础上进行HACCP体系认证，会使整个质量管理体系更加完善，更有利于产品质量、安全的控制，其效果会更加明显。
第五，规范认证行为，树立认证的权威性。由于HACCP体系本身具有专业性、技术性等特点，从事HACCP咨询、认证人员的专业知识、政策理论水平、实际工作经验等因素直接影响咨询、认证质量。只有高水平的人员才有高水平的咨询、认证质量。
第六，HACCP咨询、认证机构要重视自己的“产品质量”。高水平的咨询、认证是咨询、认证机构以质量和信誉赢得市场的根本保证。企业在选择认证咨询机构时要注意选择有权威性的、经过注册和有认证咨询资格的机构。
总之，HACCP体系已成为国际上公认的控制食品安全的有效手段。只有提高HACCP体系运行的有效性，才能达到控制食品安全质量的最终目的。