HACCP管理体系认证与ISO9001认证关系：
ISO9001质量管理体系是一种为实施质量管理所需的组织结构、程序、过程和资源及其相互配置。ISO9001质量管理体系比HACCP所覆盖的范围更广泛，几乎涉及企业管理的方方面面，提出了8种管理思想理念，同时建立了一个较为科学，完整的管理体系结构模型，适合于各类组织实施质量管理。但它只提出了管理要求，侧重于对组织进行宏观控制，而对产品生产的各个环节没有提出具体要求，不涉及具体的管理方法和手段，是企业生产管理的“面”，可为企业建立管理体系提供平台。
作为HACCP前体条件的GMP和SSOP紧扣企业生产实际，以卫生管理为主线，针对企业生产加工的具体过程提出了许多卫生管理方法和手段，适用于不同的生产企业。并为HACCP体系提供基础支持，是企业生产管理的“线”。
HACCP体系直插生产控制核心---安全。对CCP（关键控制点）提供科学、系统的控制方法，能充分发挥其控制质量安全的高效性和经济性，是企业生产管理的“点”。
既要达到ISO9001的质量管理体系的要求，又达到HACCP安全控制体系的要求，将质量手册、程序文件、作业指导书，记录表格溶为一体、形成便于生产操作和运行的模式——产品安全、卫生、质量一体化管理模型。
这种一体化的管理模型吸纳了ISO9001的管理思想、体系框架和过程方法。在ISO9001质量管理体系的平台上，以GMP、SSOP为主线，建立科学的卫生标准操作程序（SSOP），对整个产品加工的环境、人员、设施设备加以控制；同时以危害分析、HACCP计划等手段，充分发挥HACCP体系控制产品安全效果显著的优点，在满足质量要求的同时，确保产品的卫生与安全。也就是说获得ISO9001标准质量管理体系认证的企业实施HACCP体系可有更加坚实的质量管理为基础，其效果会更加明显。
HACCP管理体系认证与ISO22000认证的关系：
HACCP是控制危害的预防性体系，是用于保护食品防止生物、化学、物理危害的一种管理工具。HACCP虽然不是一个零风险体系，却是目前食品安全控制的最有效的体系。HACCP作为最有效的食源疾患控制体系已经被多个国家的政府、标准化组织或行业集团采用，或是在相关法规中作为强制性要求，或是在标准中作为自愿性要求予以推荐，或是作为对分供方的强制要求。
从2001年起，ISO就着手开发一个进一步定义HACCP在食品安全体系中的作用的审核标准，即ISO22000国际标准。
ISO22000标准的开发要达到的主要目标是：符合国际食品法典委员会（CAC）的HACCP原理；协调自愿性的国际标准；提供一个用于审核（内审、第二方审核、第三方审核）的标准；条款编排形式与ISO9001相一致；提供一个关于HACCP概念的国际交流平台。
因此，ISO22000不仅仅是通常意义上的食品加工规则和法规要求，还是寻求一个为集中、一致和整合的食品安全体系。它将HACCP体系的基本原则与应用步骤融合在一起，既是描述食品安全管理体系要求的使用指导标准，又是可供认证和注册的可审核标准，为我们带来了一个在食品安全领域将多个标准统一起来的机会，也成为在整个食品供应链中实施HACCP技术的一种工具。
ISO22000特别关注并强调相互沟通，包括企业内部和外部的信息交流，在系统地危害分析并获取信息的基础上，确保在食品链每个环节中所有相关的食品危害均得到识别和充分控制。因此可以说ISO22000是从以HACCP为核心的控制体系发展到食品安全管理体系。
ISO22000和HACCP体系都是一种风险管理工具，能使实施者合理地识别将要发生的危害，并制定一套全面有效的计划，以防止和控制危害的发生。但HACCP体系是源于企业内部对某一产品安全性的控制体系，以生产全过程的监控为主，适用范围较狭窄。而ISO22000是适用于整个食品链的食品安全管理体系，不仅包含了HACCP体系的全部内容，并将其融入到企业的整个管理活动中，逻辑性强，体系更为完整。
目前国内HACCP认证已依照ISO22000标准建立，而ISO22000标准与ISO9001标准有着更为相似和一致的体系结构和文件要求，为两个体系的融合奠定了更稳固的基础，融合后的体系既能预防和控制可能产生的质量安全危害，又可以提高产品的质量，但是两者并不能相互取代。
国家认证认可监督管理委员会（CNCA）已于2007年7月18日发布的《关于食品安全管理体系认证审批政策的说明》中明确了ISO22000和HACCP认证的定义：依据ISO22000开展的认证定义为“食品安全管理体系认证”（简称FSMS认证）；依据HACCP及相关技术规范开展的认证为HACCP认证。由于HACCP认证已经在国内外贸易中得到普遍承认，因此在一段时间内ISO22000认证将与HACCP认证并存。
ISO 22000认证与ISO 9001认证的关系：
ISO 22000标准并不打算提出一些基本的强制性生产实践要求，而是对那些期望满足食品安全强制要求的企业给出管理要求，即要求组织将所有适用食品安全的有关法规和规章的要求融入食品安全管理体系中。标准提供了食品安全管理体系的框架，同时按照ISO描述管理体系要求的框架标准，即ISO导则72(2001)的要求建立，从而保证ISO 22000具有与ISO 9000和ISO 14001一致的结构，以有助于企业建立整合的管理体系。
有关介绍ISO 22000和ISO 9001之间关系并进行对照的资料已有不少，但应该明确的是： ISO 9000并没有包含ISO 9001:2000的所有要求, 要描述的是食品安全管理体系，因此它不是IS0 9001衍生的食品质量管理标准，这一点在工作组内已达成一致，所以在制定过程中也没有将两者内容结合在一起讨论。John G．Surak认为，安全是政府管理和控制的对象，绝不允许对不安全的食物有所姑息；而质量高低可以由市场调节．如果质量低下，则企业会面临丧失市场份额的风险，市场压力就成为推动企业生产商质量产品的动力，因此对食品安全和质量的管理要求是不同的，IS0 22000并不是HACCP 7项管理原则与ISO 9001要求的简单组合，而是一种风险管理工具，能使实施者合理地识别将要发生的危害，并制定一套全面有效的计划，来防止和控制危害的发生。事实上，其他行业在控制和降低风险的过程中，同样可以参考以HACCP为精髓的ISO 22000的管理思路。由此可见，不能认为ISO 22000只是在ISO 9001标准中加入食品行业某些特定内容后形成的，而将其视作类似于某些行业的“IS0 9001”标准，如汽车制造业的ISO 16949等。