在实际接触企业的各种文件时看到二者的混合兼容性，其实ISO9000与HACCP是两个不同的体系，要接受不同的认证和检查，因此，考虑HACCP与ISO9000质量管理体系两者的差异和不同的要求，我们在融合HACCP和ISO 9001:2008质量管理体系时，既要保证ISO9001:2008文件体系的完整性和系统性，又应兼顾HACCP相关的要求。ISO 9001:2008的质量管理体系要求与HACCP的相关要求对应情况及如何进行融合见下表。
ISO 9001要素HACCP方案体系融合
4质量管理体系 6.文件和记录系统 考虑涵盖HACCP体系
5管理职责 涵盖HACCP体系
6资源管理 考虑HACCP的培训及资格鉴定
7.1产品实现的策划1. 进行危害分析
2. 确定关键控制点
3. 确定临界限量
4. 建立监控系统
5. 确定纠偏措施在质量策划时充分考虑HACCP的要求，将其纳入质量管理体系程序，并用相应的记录、表格予以证实
7.2与产品有关的过程
3.确定临界限量与产品有关的要求的确定与评审时予以考虑
7.4采购
4.建立监控系统必要时予以监控
7.5.1生产和服务提供的控制4.建立监控系统 要考虑主要的监控项目
7.5.2生产和服务提供过程的确认 4.建立监控系统 必要时予以监控
7.5.4顾客财产 4.建立监控系统 必要时予以监控
7.5.5产品防护 4.建立监控系统 必要时予以监控
8.2.2内部审核 7.建立验证程序 内部审核时考虑验证要求
8.2.3过程的监视和测量4.建立验证程序对关键控制点予以监控
8.2.4产品的监视和测量
8.3不合格品的控制 5.确定纠偏措施 按纠偏措施对不合格品进行处置
8.4 数据分析 考虑监控CCP时的应用
8.5 改进 CCP发生限值偏离时应制定纠正措施
在融合中应注意，ISO9000:2008标准的纠正措施与HACCP的纠偏措施是两个概念，纠正措施要求企业制定并执行文件化程序，对产生的不合格分析原因，制定纠正措施并控制实施，以防止再次发生。而HACCP的纠偏措施是在质量策划阶段确定的，当CCP的关键限值的发生偏离时，所采取的减少危害程度的补救措施，其实是对不合格的处置，是纠正，不是纠正措施。这也是ISO9000与HACCP的区别。
另外，HACCP的主要监控侧重于产品实现过程，因此在ISO9001:2008的生产和服务提供的控制中，HACCP的关键控制点应为影响质量的主要过程，应以生产过程控制为融合重点。HACCP计划使生产过程中的关键控制点时刻处于严密的监控之下，IS09000标准则把生产过程列入产品实现过程中，对其临界限量–表述产品特性的信息，列入工艺评定准则，通过必要的程序进行控制，并保存监控的记录。两者融合可在生产过程控制中充分体现各自优越性，使生产现场受到科学而严密的管理。
ISO9001:2008要求建立文件化的质量管理体系，典型的质量管理体系的文件结构有三层，即质量手册、程序文件、作业指导书。该质量管理体系的文件结构依然适用于融合的体系，在具体的文件策划时，质量手册中应简单描述HACCP的控制原则、有关部门的职责、权限和相互关系；在程序文件中，应规定HACCP的具体实施的方法；从表１来看，HACCP的大量文件应集中在7.1产品实现的策划要素中，这些文件大部分涉及较多的技术问题，因此应以作业指导书的形式形成文件或制定为技术文件。
总之，ISO9000标准是一个适用于各个工业／经济行业的质量管理体系标准，因此也适用于食品行业，只要我们充分理解HACCP规则的内容及要求，通过精心的策划，就可以将ISO9000同HACCP有机的结合起来，建立一个同时满足两个标准的的质量管理体系，使质量管理重点突出，减少企业管理成本，同时也为今后质量管理体系的良好的运行奠定了基础。