1，管理思想一致。均采用过程控制方式，通过识别过程，确定控制内容，制定控制方法，验证控制方法的有效性，改进和完善体系。
2，采用的术语基本一致。除ISO22000重新定义的4个术语外，ISO9000的其他术语和定义在ISO22000中均适用。
3，结构基本相同。基本采用管理职责、资源管理、产品实现、验证和改进四大部分。
4，ISO22000考虑了ISO9001的条款，以加强相互的兼容性。
除涉及食品安全的控制内容外，管理体系中共性要求的条款一致，容易实现组织建立食品质量和安全管理体系。在质量管理体系框架内设计、运行和更新食品安全体系，并将之纳入到组织的整体管理活动中，将为组织和相关方带来最大的利益。
5，ISO22000尽管为其他管理体系提供了接口，但组织实施ISO22000认证时，仅关注食品安全方面的问题。
但不排斥组织将其他管理体系要素的内容结合于体系中。
它们的不同：
1，前者研究的是食品安全，后者研究的是产品质量。
2，前者关注食品链中组织间和组织内的沟通、食品安全方针、突发事件准备和响应、安全产品的策划和实现、前提方案（基础设施、工作环境）等；后者包含以顾客为关注焦点、与顾客的沟通、质量方针、不合格品控制、产品实现等条款。
3，ISO22000可以独立于其他管理体系标准单独使用，其实施可结合或整合现有相关管理体系要求，组织也可利用现有管理体系建立一个符合ISO22000的食品安全管理体系。当与其他管理体系一起使用时，组织的最高管理者必须承诺能够满足ISO22000的要求。
4，ISO22000旨在协调全球范围食品链内食品安全管理的要求，尤其适合于寻求更有重点、更连贯和更有整体性的食品安全管理体系，而不仅是针对某一点解决某一问题。
5，ISO22000的应用不以守法为最低要求，但是它要求组织将有关食品安全的法律法规要求纳入食品安全管理体系。