在物理性污染方面，指在工业化的加工过程中，来自食品原料、产地环境、加工设备等造成的各种物理性因素污染，包括原料混杂、金属碎屑、石块沙粒等，也包括人工混杂的各种物理性杂质、异物等。
在化学性污染方面，指工业化的加工过程中，化学合成物质对加工食品质量安全产生的危害。如，加工过程中一些化学色素、化学添加剂的不适当使用。不适宜的加工工艺，使食物中有害的化学物质增加。加工设备、包装材料等含有或食品接触面沾有有害有毒化学物质，对加工食品的质量安全造成危害。
在生物性污染方面，指工业化加工过程中或来自食品原料和包装材料的各类生物性污染，对加工食品质量安全产生的危害。包括食品原料的生物性质量劣变；产地环境、加工设备接触面、操作人员的各种生物性污染，如致病性细菌、病毒以及某些毒素等；包装新材料对加工食品造成的生物性污染，以及因保质期的不适当标注或超过保质期，造成加工食品的生物性劣变。
