数码显微镜为了要电子束在样品表面上扫描，必须在显微镜区以外的无场空间中，使用附加的扫描线圈，在线圈中通以电流从而使原来沿直线行进的电子轨迹发生偏转.显微镜如果把光轴方向称为Z轴，则数码显微镜状扫描就是指电子束既有X方向的扫描(行扫)，又有y方向的扫描(祯扫).根据Lorentz力的原理可知，横向磁场H，显微镜可使纵向运行的电子束受到X方向的偏转，而另一种横向磁场H二可引起电子束的Y方向偏转。如果扫描线圈中的电流呈锯齿波形式。则显微镜的偏转It将从零开始逐渐加大，至某一定值后又立刻回到原来的零位移。锯齿波的周期T对应于一次行扫或侦扫。显微镜行扫周期Tn比帧扫周期TV小得多。两者的比值决定了电子束在样品上扫描的一帧中所包含的行数，也称为扫描光栅的线数N，N=T,MIT行.因为扫描电镜中采用的工作距离很小，故扫描线圈只能放在末透镜的物方空间，即让电子束进入该透镜场区之前;先受到横向偏转。为了使沿轴射来的数码显微镜都能参与成像，而不致被偏转一次就打到镜筒壁或其他组件上.所以电镜中应该采用上、下两组扫描线圈(每组均包括X和Y偏转的二个线圈)，使数码显微镜偏转两次后在末光阑孔中心处与光轴相交，并进入透镜场区。
前面已经提到:偏光显微镜样品上电子束的扫描与显像管中电子束的扫描严格同步。所以显像管荧光屏上的图样是徉品被扫描区的放大像。显微镜设显像管荧光屏的宽度为B。它是固定值(如B=10cm)油代表样品上被扫区的宽度，则扫描像的放大倍数为:它基本上取决于显像管中偏转线圈电流与镜筒中扫描线圈电流之比。实际的情况是:显微镜中偏转线圈电流值保持恒定，它通过一个衰减网络与镜筒中扫描线圈串联。所以偏光镜筒中的扫描电流值较小，而且可以灵活改变。这样显微镜图像的放大倍数就可以很方便地变动。此外，在选定扫描电流档以后，改变样品所处的工作距离，也可改变样品上被扫区的宽度，从而调节偏光显微镜图像的放大倍数。