一、开机
1、首先检查循环水系统，压力显示约4.5，温度显示约11～18度，为正常范围。
2、检查不间断电源的“LINE”，“INV”指示灯亮，上部6只灯仅一只亮是为正常。
3、开电镜电脑（白色机箱）的电源，通过密码进入WINDOWS后，先启动“SCS”，然后启动“Microscope Control”。
二、操作过程
1、有关样品的要求：需用电镜观测的样品，必须干燥，无挥发性，有导电性，能与样品台牢固粘结（块状试样的下底部需平整，利于粘结）。粉末样品用导电胶带粘结后，需敲击检查，或用吹风机吹去粘结不牢固的粉末。含有机成份的样品（包括聚合物等），需经过干燥处理。
2、交换样品特别注意点：该电镜的样品台是4轴马达驱动的精密机械，定位精度1微米，同时也可以手动旋钮驱动。样品室中暴露着镜头极靴、二次电子探头、低压背散射电子探头、能谱探头、红外相机、涡轮分子泵等电镜的核心部件，样品台驱动过程中存在着碰撞的可能性，交换样品和驱动样品台时要特别小心。比如样品室门应轻拉轻推；样品要固定牢固，防止掉到镜筒里去；样品高度要合适，Z轴移动样品或手动倾斜样品前，用CCD图象检查样品位置等等。
3、换样品过程：换样品前必须先检查加速电压是否已经关闭，条件符合，可按放气键（“VENT”）。交换样品台操作必须戴干净手套。固定好样品台后（固紧内六角螺丝），必须用专用卡尺测量样品高度，不允许超过规定高度。推进样品室，左手按住样品室门上手柄，右手点击抽真空软件键“PUMP”。整个换样品过程中，不要手动调节样品台位置（倾动除外）。
4、关高压过程：按下软件键“xx kV”，稍等待，听到V6阀的动作声音后，键颜色由黄色变灰色，表示高压已正式关闭。
5、开高压过程：样品室抽真空到达5e～5mBar以上，可以开高压，观察图像。开高压：检查“Detector”菜单项中的“SE”或“TLD”被选中，按“HT”键，数秒后按软键“xx kV”，应听到V6阀开启的声音，等待键颜色变黄色。图像出来后，同时会弹出一个窗口，提示首先必须聚焦图像，然后按“OK”，使电脑能测出实际的样品高度，次序不可颠倒。在数千倍聚焦完成后（In Focus），按“OK”。
6、聚焦图像：按住鼠标右键，左或右向移动鼠标来聚焦图像。
7、消像散：按住左Shift键，按住鼠标右键移动，消除像散。
8、拍照：按“F2”键，电镜开始单次扫描。扫描结束，过数秒，冻结键（雪花图形）自动激活（变黄色）。这时可用“InOut”菜单中的Image保存图像。
9、拷贝图像：须用新光盘或未开封的新软盘拷贝。
三、关机
1、先关高压，放气后，取出样品后，重抽真空，然后关“Microscope Control”，再关WINDOWS。
2、在记录本上记录使用情况。
四、注意事项：
1、有关电脑的特别提醒
电镜的电脑是控制整台电镜的，电脑的CMOS管理，显示卡及驱动程序等与普通电脑不同，请不要当作普通电脑来使用。禁止修改电脑的任何设置，禁止安装任何软件。禁止使用USB接口（包括优盘）。使用光驱或软驱等需经电镜管理人员检查同意，严防病毒感染。电脑的许多指令要驱动电镜中的电气部件或机械部件的一系列动作，时间可能较长，千万不要连续点击或按键，否则可能引起电脑死机。文件名不要超过8位，要以字母开头。
2、样品高度问题
同一次装入电镜的样品，高度差不要超过1.5mm（包括同一块样品的表面高度也是如此）。对镶嵌块，断面样品等高度大的样品，千万不要对样品台平面聚焦，只能对样品上表面聚焦。