臭氧发生器应用于水处理工程等场合时，有很多因素可能影响发生器的效率及其可靠性，因此在设计臭氧发生器应用系统时必须注意下列问题o
1、发生器原料气体绝对不得含烃类、腐蚀性气体和任何其他能在氧／臭氧／电晕环境内发生反应，从而对设备安全造成危害或损坏的物质。
从所周知，爆炸的三要素是燃料、氧化剂和火种，而臭氧发生器的电晕环境中已存在两项，即氧化剂和火种。因此必须防止在原料气体中含有烃类燃料物质；如果有可能存在烃类物质，必须安装烃类分析仪，以便当烃类浓度接近爆炸下限（LEl）的25％时切断电源。
碳氟化合物，如特氟隆或冷却剂都可在电晕中分解形成氟，后者能侵蚀玻璃介电材料，可加速介电体损坏。围绕在电晕室外面的循环冷却流体有可能通过密封泄漏并进入电晕空间，结果在介电体表面形成一层漆类，涂层。当发生这种情况时，由于这种涂层降低臭氧生产的效率，介电体必须定期予以清洗。
另外，原料气还应滤除5μm左右的颗粒，以防止小的干燥剂粉末或其他微粒进入发生器电晕区。以免影响电晕效率。
2、供气压力不能无控制地改变，由于气压影响电晕功率诱导和跨越介电体所加电压，大范围压力变化会使发生器运行不可靠。超出电晕功率范围可造成熔断器或自动断电器断开。超出外加电压峰值还能造成介电体过早失效。
3、臭氧发生器系统设计时，必须能防止大量水进入到发生器内。
水封供气压缩机用的浮阀或空气干燥器上的凝结水阀阻塞卡住，都会造成发生器电晕室内灌水。电晕室内大量进水可导致电晕集中、高电流密度和局部电介体发热，造成介电体过早失效。即使检测装置在水进入电晕室之前切断电晕电源，水中所含杂质也会沉积在元件表面上，这些杂质必须在继续运行之前予以清除。运行故障或操作错误都能迫使处理出水从臭氧接触池到流至发生器内，至少会造成电晕元件污染或者介电体损坏。此外，系统设计和操作规程必须阻止易燃的腐蚀性气体及从臭氧接触池回流的水蒸气进入发生器内。
4、冷却水的水质要好，防止结垢，以免影响发生器的散热效果。
二对水冷发生器采说，为使传热表面的结垢最少，冷却水的水质十分重要。结垢会使传热效率降低，从而减少臭氧产量，增加维护费用。在技术上自来水是被优先选择的冷却剂，不过，对大型工业用发生器所需要的耗水量来说，使用自来水经济上毫无吸引力，也许只有发生系统用在水处理厂的情况除外。与自来水水质相反，一般处理后的污水作为冷却水，效果不是很好，因为它容易导致结垢。如果高质量的水或其他流体用在密封的十次冷却回路中，末级热交换器又是专门设计得最少结垢；且便于清洗，而且污水出水还可以作为末级散热使用。为了水费和设备维护费之间的最佳平衡，系统设计时多数采用冷却塔水或热交换器优质饮用水（无悬浮固体、氯化物<5mg／L）。
5、对于气冷却发生器来说，冷却空气必须无潮气、杂质、腐蚀性、气溶胶、油质或导电物质以及可见粉尘。正常情况下，除非处在一个极度多尘的工业大气环境内，空气多半是不需要过滤处理的。