绿霉菌又叫绿色木霉菌，是为害平菇最严重的病原菌之一，在平菇不同的生产阶段都遭受其危害，一旦发病，轻者减产，重者绝收，成为制约平菇生产发展的重要障碍。通过几年的探索实验，现将其综合防治措施总结介绍如下：
（一）搞好菇房消毒 对菇房及四周要进行彻底消毒，消除各种杂物。用石灰或黄泥抹墙缝。用10%的新鲜石灰水涂刷墙壁、房顶及床架，用来苏儿喷洒地面、房顶，在地面上再撒生石灰粉，最后用不着10ml/m3甲醛加5g/m3高锰酸钾汽化进行熏蒸消毒。在平菇栽培期间，定期喷洒脱0.1%高锰酸钾或3%-5%石炭酸。
（二）选用优良菌种 平菇菌种要选菌丝浓密、洁白、粗壮、抗杂能力强、无污染、适龄的优质菌种。
（三）选用优质培养料 培养料要新鲜，无污染。配料内可加入2%左右的石灰、1%的石膏和平共处0.1%-0.2%的多菌灵，可抑制绿霉菌的生长。若培养料不新鲜或有霉变，要进行高温发酵处理后再利用。
（四）加强栽培管理 菇房的温度在栽培的初期不宜太高，空气湿度控制在70%左右，对空气中的霉菌生长不利，但不影响平菇菌丝的生长。栽培时，可以加大用种量，一般菌种用量应占干料重的10%-15%，使平菇菌丝在短期内形成生长优势。栽培过程中，适当通风换气，控制菇房环境条件，使之有利于菌丝生长，抑制绿霉菌。
（五）药剂防治 菌床培养料上或菌袋两端发生少量绿霉时，用0.1%甲基托布津、 0.1%-0.2%代森锌、 0.1%-0.2%多菌灵或浓石灰水上清液涂抹或喷洒被害部位，可防止分生孢子扩散蔓延，或用2%甲醛和5%石炭酸混合液处理侵染部位能抑制杂菌生长。若菌床或菌袋出现绿霉已深入到料内，应及时用0.2%多菌灵液浸沙布盖住，然后轻轻挖掉已污染的料块，在挖除后的料面喷0.2%多菌灵或其它杀菌剂，也可涂抹浓石灰乳，再用新鲜料或菌种填平，可控制其发展。对于污染严重的菌袋可深埋处理。在出菇期间，可用70%的甲基托布津，或50%的多菌灵1000倍液，或10%的水剂双效灵隔3-5天喷雾1次，能收到一定的防治效果。