番茄植株生长发育快、分枝力强、茎叶繁茂、易落花落果，在生产上常采用整枝的方法达到早熟和高产的目的。整枝的方法主要包括打杈、打顶、打老叶、疏花疏果等。
温室番茄为达到早熟高产的目的，常采用单干整枝的方法。对早熟品种，只保留番茄主轴，把叶腹内侧枝全部摘除。中晚熟品种，由于生长势强，通常采用连续单干延伸整枝和连续摘心的方法。现分别介绍如下。
连续单干延伸整枝 把第一花穗下第一侧枝及以下所有侧枝全部摘除，留植株在封顶的最上位侧枝代替主干继续向上延伸。当此侧枝又出现封顶时，在此侧枝上选最上位侧芽代替侧枝继续向上延伸，如此反复达到要求高度，或留够所要求花穗数。
连续摘心整枝 采用单干整枝，当番茄长出3——4个花穗时，在其上面留二片叶摘心，做为第一个基本枝。保留植株最上部两片叶腋内的侧枝进行连续摘心，即当两叶腋内腋芽萌发后各留一叶摘心，当侧枝的腋芽萌发时，再各留一叶摘心。如此反复进行。当第一果穗采收后，在最上部的两个侧枝中选一健壮侧枝不再进行摘心；而另一侧枝留一叶，其余叶片剪除。放开生
长的例枝当长出3——4个花序时，在最上部花穗上方留两片叶进行摘心，作为第二基本枝。然后按同样方法培养第三基本枝、第四基本枝。这种整枝方法一般可结12——16穗果。
番茄整枝注意事项
1、番茄地上部和根系有着相互促进的关系。过早整枝会影响根系生长。因此打杈不可过早，第一花穗下部的腋芽应在腋芽长至3厘米长时进行。
2、采用单干连续整枝时，首先要保证肥水充足，必须注意上部侧枝的选留和培养，防止造成下部的都打去了，而上部的最终培养不出。
3、打杈时，要求不留桩，不能带掉主轴上过多的皮，要尽可能减少伤口面，一般不用剪刀等工具，因剪刀容易传染病毒。
4、整枝、打杈应在晴天上午10时至下午3时进行，这时温度高，伤口易愈合。
5、采用连续摘心整枝时，应及早进行。进行早，伤口小，易愈合。
6、日光温室越冬茬、冬春茬栽培常采用普通单干整枝，即早熟品种高度密植（7000——8000株／667平方米），每株留一穗果；中晚熟品种667平方米栽2500株左右，每株留4－6穗果，每穗结果2一3个。
7、日光温室秋冬茬、大棚春茬栽培中，常采用连续单干整枝和连续摘心整枝法。在运用这两种整枝法时，一定要重视疏花疏果。一般单株留果5－10穗，每穗留2——3个果。
8、在整枝时，对有病毒症状的植株应单独进行，避免人为传播疾病。