食用菌的繁殖方式有无性繁殖和有性繁殖。
（一）无性繁殖
无性繁殖是食用菌繁殖的基本方式，即不经过两性细胞的配合，就能产生新的个体。它的特点是能反复进行，产生个体多。大多数食用菌的无性繁殖是通过无性孢子如节孢子、芽孢子、厚垣孢子等来实现的。这些孢于萌发后能形成新的个体。具体方式有：
1、节孢子（粉孢子） 是一种薄壁的无性孢子，通常由菌丝断裂而成，呈短枝状，每段可长成一个新个体。银耳菌丝体（不论单核菌丝或双核菌丝），受到不良环境条件（如热、浸水、搅动等）的刺激会断裂成节孢子，待环境条件适宜，节孢子萌发成菌丝。
2、厚垣孢子 是一种细胞质密集，四周细胞壁增厚的休眠细胞，常形成于菌丝细胞间。如草菇菌丝在老熟时形成的红色物即厚垣孢子堆。当条件适宜时，厚垣孢子又萌发为菌丝体。
3、分生孢子 由菌丝的一部分转变成分生孢子梗，由分生孢子梗生出的孢子叫分生孢子。如毛柄金钱菌的菌丝体能断裂成单细胞的分生孢子。分生孢子在适宜条件下又能萌发成单核菌丝或双核菌丝。
4、芽生孢子（芽孢子） 是从一个细胞以出芽方式形成的无性孢子，又称酵母状分生孢子。如银耳的单核菌丝或双核菌丝均可产生芽孢子，芽孢子在一定条件下又能萌发成单核菌丝或双核菌丝。
（二）有性繁殖
食用菌的有性繁殖是经过不同性别细胞配合后产生一定形态的有性孢子来实现的。主要经过质配、核配和减数分裂三个阶段。质配是两个细胞的细胞质发生融合的现象；核配是将两个单倍体核融合为一个双倍体的合子核；减数分裂把合子核的染色体减半，又重新产生四个单倍体核。
食用菌是通过形成有性的子囊孢子和担孢子来实现其有性生殖的。
1、子囊孢子的形成 子囊孢子是子囊菌的主要特征，发生在子囊细胞内。子囊细胞是由双核细胞的钩状侧枝发育成的。双核菌丝细胞的两个核融合（核配）成为染色体双倍的合子核后，经三次细胞分裂，其中一次为减数分裂，染色体减半，结果在一个子囊里形成了八个单倍的核，这些核粒外囊细胞质后，就成了八个子囊孢子。
2、担孢子的形成 担孢子是担子菌特有的特征，它外生在担子上。担子是由双核菌丝细胞末端（呈棍棒状）发育成的。棍棒状的担子细胞，经核配和二次细胞分裂，其中一次为减数分裂，染色体减半，形成四个单倍体的子核，每个子核分别进入担子上部所出生的四个小梗，之后四个梗就发育成为四个担孢子，当担子内的核进行减数分裂时，性基因发生分离，异宗结合的食用菌，核成两种或两种以上的配合型， 由于不同型核分别进入担孢子，就构成了不同性别的担孢子。