人工培养出来供进一步繁殖用的纯菌丝体就是菌种，它相当农作物的种苗。无菌种，人工栽培无法进行；菌种不良；不能获得优质高产。但菌种必须在无菌的条件下进行分离、接种和培养，因此要有一些基本的设备，除要有实验室、一配料室和培养室外，还要有
（一）接种箱（接种室）
接种室和接种箱是进行菌种分离接种的场所，和外界空间隔绝，防止空气流动，经过一定的消毒措施后，室内就可达到无菌状态，防止分离和接种时污染杂菌。一般一个接种箱就可展开工作，如有条件也可建一个接种室。
接种箱是一个木材和玻璃制成的小箱子，箱内有紫外线灯和日光灯，接种箱前后，装有两扇能启闭的玻璃窗，箱前开两只圆口，圆口装有布套，一头钉在圆口上，另一头用松紧带缝合成袖套形，双手可伸入箱内操作。
接种箱的特点：结构简单，造价低廉，消毒彻底，移动方便。但箱内容量小、操作不便，大规模的接种还需接种室。
接种室和接种箱一样，关闭要严密，应设在向阳、干燥处，面积6平方米，高2米。地面墙壁要平整、光滑，以利室内灭菌，门窗关闭后要能和外界空气隔绝。
接种室外还有一缓冲间，是工作人员换衣帽及鞋的地方，并可防止外界空气直接进入接种室。缓冲室用拉门、减少空气流动，门不要在一条直线上。接种室和缓冲间都要装紫外线灯及日光灯各一支。接种室内有工作台及各种用具。
（二）分离菌种所需器具
1、酒精灯：火焰灭菌用。
2、解剖刀：1～2把，供切割组织块，剖开种木用。
3、接种针：分离菌种时，批取孢子及菌丝。可用自行车钢条一端磨细弯成3毫米的小钩制成。
4、镊子：尖嘴小镊子一把，20厘米长的大镊子一把，主要用于摄取种菇或其他物品。
5、小榔头：敲打劈开种木时用。
6、试管：数量根据实际需要而定，用于培养料面菌种，试管口径以8一20厘米的较好。
7、培养皿：放置食用菌的子实体、采集孢子或注入培养基进行板培养等用。
8、漏斗：用于分装配好的培养基。
9、搪瓷盘：用于盛种器皿和用具。
10、三角瓶及烧杯：用于制备培养基。
11、量筒或量杯：用于计量溶液的体积。
12、铝锅及电炉：用于加热溶解琼脂等培养基原料。
13、天平：用于称量培养基原料。
14、棉花：用于制作瓶塞。少量脱脂棉花用于消毒。
15、温度计（干湿球温度计）：用于测量室内外温度和湿度。
16、试管架、铁丝试管笼：用于排放试管及装盛试管培养基进行灭菌消毒等。
17、培养容器：用于培养原种及栽培种。如玻璃瓶、塑料袋、塑料瓶。
18、培养基灭菌设备：用于培养基的高温灭菌，常用高压锅，也可自制土蒸锅。
19、电热烘箱：用于干燥法测定含水量，以及玻璃器具的干热消毒灭菌。
20、恒温培养箱：用于恒温培养菌种。
21、冰箱：在高温季节，用于保存某些菌种。
22、生物显微镜：用于观察、鉴定菌丝及孢子的形态、构造。
（三）其他仪器及用具
1、孢子收集器：孢子收集器是用来采收菌类孢子的装置。
2、喷雾器：用于给子实体喷雾。
3、摇床：搞液体菌种制备，需要摇床。
4、注射器、铝丝筐、纱布。