⑴定植时：穴施药剂，控制根部病害防止甜椒死棵。⑵缓苗后：药剂灌根，巩固防病效果，促进根系发达，避免“头重脚轻”的情况发生。
方法一：针对疫霉根腐病发生较严重的棚室，可穴施乙磷铝混加DT各1克进行预防；针对茎腐病发生较严重的棚室，可穴施甲基立枯磷混加DT各1克进行预防。
甜椒定植缓苗后，可灌施上述药剂混加生根壮苗剂1500倍，7-10天灌一次，连续灌根2-3次，巩固防病效果，促进生根，避免地上部生长过旺而根系生长差的情况发生。
方法二：利用菌肥以菌抑菌的作用，可穴施或沟施激抗菌968生物菌肥预防根部病害，亩用量80-120公斤即可，同时，菌在不断繁殖过程中还能产生刺激根系生长的物质，促进根系生长、抑制地上部旺长。一药多用，效果显著。
但在使用激抗菌968菌肥时，一定要注意不可与杀菌剂，特别是杀细菌的药剂同时使用。
结果前：控水控肥，促根壮秧，增强植株的连续结果能力和抗病能力，结果后：浇水冲肥，保棵促果，确保甜椒产量和品质。
缓苗后控水，结合划锄2-3次，促进根系生长，防止植株徒长，培育壮棵。直到甜椒结果前一般不进行浇水施肥，但若植株长势过弱，可适当冲用大源一号生根膨瓜龙或瑞神生物菌肥促根促棵；若长势过旺，还应叶面喷施助壮素进行控制，抑制植株旺长。
甜椒进入结果期后，需水需肥量大增，应及时浇水施肥，促棵促果。针对甜椒需求钾肥量大的特点，可用大源一号美瑞达随水冲施，补充甜椒生长所需的营养，每亩每次用量30-40公斤为宜。在低温季节，可将上述化肥减半配合大源一号新快枪手或激抗菌968冲施肥进行冲施，以达到养根防早衰，促果防低效的生产目的。
另外，针对地下部病害，还要10-15天喷药或熏烟一次，控制病害的发生发展。