由于长期使用化学肥料和重茬，土壤结构遭到破坏，板结、酸化、盐化等现象屡见不鲜。土壤中的一些速效元素增多，另一种元素缺乏，影响中微量元素的吸收，导致作物产量和品质大幅下降。又因农户在使用肥料时只重视氮磷钾，而忽视了中微量元素的应用。土壤肥力常年处于不平衡状态，导致了芹菜缺素症和生理性病害发生严重，使植株生长势弱、产量低，品质差，甚至全株死亡，生理病害如根腐病、心腐病等土传病害和病毒病危害、线虫危害等，都是土壤理化性质恶化和土壤养分的缺乏造成，均加重芹菜重茬问题。
防治方法：
1.改连作制为轮作制，尽可能一年一倒茬，与其他作物合理轮作。
2.使用充分腐熟的有机肥和生物有机肥(如报农酵母菌有机肥)做底肥，结合土壤杀虫剂，深翻土壤，降低土壤板结性。
3.定植前用70%恶霉灵3000倍液+报农施乐丰1000倍液或6.25%精甲咯菌腈3000倍液+蚓酯甲壳素1000倍液蘸根后栽培。
4.定植后用25%甲霜霉威600倍液+72%链霉素3000倍液或70%恶霉灵3000倍液+50%福美双1500倍液+报农施乐丰1000倍液或6.25%精甲咯菌腈3000倍液+3%中生菌素800倍液+蚓酯甲壳素1000倍液，叶面喷雾可有效防治生理性病害和土传病害的发生。