传染源为带毒动物。其中猪和马是最重要的动物宿主和传染源。马是病毒的天然宿主，猪是最主要的扩散宿主。由于猪的饲养数量大、分布广、更新快，每年都能生产出大批易感性高的仔猪。猪感染乙脑病毒后，产生病毒血症，血液中病毒量较多，通过蚊→猪→蚊循环，使乙脑病毒不断扩散。所以猪是乙脑病毒最主要的增殖宿主和传染源。传播途径主要通过蚊虫(库蚊、伊蚊、按蚊等)叮咬传播，其中最主要的是三带喙库蚊。越冬蚊虫可以隔年传播病毒，病毒还可能经蚊虫卵传递至下一代。病毒的传播循环是在越冬动物及易感动物间通过蚊虫叮咬反复进行的。猪还可经胎盘垂直传播给胎儿。
马属动物、猪、牛、羊、鸡和野鸟都可感染。马最易感，猪不分品种和性别均易感染。人亦易感。本病发生有明显季节性，多发生于7月～9月份蚊虫滋生繁殖和猖狂活动季节。在热带地区，可长年发生。本病在猪群中的流行特征为感染率高，发病率低。绝大多数在病愈后不再复发，成为带毒猪。
防治
杜绝传播媒介。消灭传播媒介，增强猪只特异性抵抗力和加强管理是控制本病的主要环节和措施。从发病特点看，消灭传播媒介是预防和控制乙脑流行的根本措施，在蚊虫滋生和繁殖季节前，应开展防蚊灭蚊的工作，尤其是三带喙库蚊，应根据其生活规律和自然条件，采取有效措施。搞好猪舍、环境的清洁卫生工作，填平坑、沟等易积水的地方，铲除蚊虫滋生场所，并在猪舍及周围定期喷洒灭蚊药液。
免疫接种。可接种乙脑疫苗，不但可以预防乙脑流行，还可降低猪只的带毒率，控制本病的传染源。猪乙型脑炎灭活苗可用于预防，肌肉注射。种猪于6月龄～7月龄(配种前)或蚊虫出现前20日～30日注射疫苗两次(间隔10日～15日)，经产母猪及成年公猪每年注射1次，每次2毫升，在乙型脑炎重疫区，为了提高防疫密度，切断传染链，对其他类型猪群也应进行预防接种。
乙型脑炎活疫苗应在当地蚊虫出现季节的前20天~30天接种，一般是在3月份~4月份，免疫一次即可，如果间隔3周~4周进行二免，效果更佳。热带地区必须每半年免疫一次。
在选择乙型脑炎疫苗时应以弱毒疫苗为主；使用乙型脑炎弱毒疫苗时，要用专用稀释液，不可用其他稀释液代替。
加强宿主动物的管理
发生乙脑疫病时，按《中华人民共和国动物防疫法》及有关规定，采取严格控制、扑灭措施，防止疫病扩散。患病动物予以扑杀并进行无害化处理。死猪、流产胎儿、胎衣、羊水等，均须无害化处理。污染场所及用具应彻底消毒。病母猪产出的死胎儿、胎盘及阴道分泌物必须严格处理，消毒、深埋；猪舍和饲养管理用具要进行严格消毒。在发病疫区，对没有经过夏秋季节的幼龄猪只和从非疫区购进的猪只，均应在乙脑流行前进行疫苗注射，尽力防止夏季蚊虫叮咬。因为这些猪只未曾感染过乙脑，一旦感染，则容易产生毒血症，成为传染源。所以，在乙脑疫区，要特别重视和加强对这些猪只的管理工作。
及时隔离病猪。对发热的病猪可以用安乃近注射液10毫升~20毫升肌肉注射，每日2次，直到体温降至正常为止。为防止继发感染，可以用磺胺嘧啶注射液20毫升肌肉注射，每日2次，连用3天；或用20%磺胺嘧啶钠液每公斤体重70毫克~100毫克，配合安溴10毫升~20毫升耳静脉注射，每日2次。公猪睾丸炎，可进行冷敷，同时用磺胺嘧啶注射液消炎，安乃近或安痛定解热。