2.1毒性作用
2.1.1急性中毒
若一次摄入残留物的量过大，会出现急性中毒反应。如在西班牙，有43个家庭的成员在一次吃了牛肝后，发生了集体食物中毒。原因是牛肝中含大量由饲料而来的盐酸克伦特罗。1998年5月，香港居民因食用内地供应的猪内脏，造成17人中毒。同时，广东省高明市人民医院也在一周内接诊了7例因喝猪肺汤而中毒的患者。今年1月8日和10日，浙江省两地分别发生大量市民食物中毒事件，中毒原因为市民所吃猪肉中含有盐酸克伦特罗。当然急性中毒的事件发生相对来说是很少的，药物残留的危害绝大多数是通过长期接触或逐渐蓄积而造成的。
2.1.2过敏反应和变态反应
一些抗菌药物如青霉素、磺胺类药物、四环素及某些氨基糖甙类抗生素能使部分人群发生过敏反应。过敏反应症状多种多样，轻者表现为麻疹、发热、关节肿痛及蜂窝织炎等。严重时可出现过敏性休克，甚至危及生命。当这些抗菌药物残留于肉食品中进入人体后，就使部分敏感人群致敏，产生抗体。当这些被致敏的个体再接触这些抗生素或用这些抗生素治疗时，这些抗生素就会与抗体结合生成抗原抗体复合物，发生过敏反应。英国一对青霉素高度敏感的病人，食用约含10IU/ml青霉素的商品牛奶后，发生了变态反应。1984年，美国一45岁妇女产生了变态反应，是由于食用了含青霉素的冷冻正餐。
2.1.3三致作用
即致癌、致畸、致突变作用。药物及环境中的化学药品可引起基因突变或染色体畸变而造成对人类的潜在危害。如苯并咪唑类抗蠕虫药，通过抑制细胞活性，可杀灭蠕虫及虫卵，抗蠕虫作用广泛。然而，其抑制细胞活性的作用使其具有潜在的致突变性和致畸性。许多国家认为，在人的食物中不能允许含有任何量的已知致癌物。对曾用致癌物进行治疗或饲喂过的食品动物，屠宰时其食用组织中不允许有致癌物的残留。当人们长期食用含三致作用药物残留的动物性食品时，这些残留物便会对人体产生有害作用，或在人体中蓄积，最终产生致癌、致畸、致突变作用。近年来人群中肿瘤发生率不断升高，人们怀疑与环境污染及动物性食品中药物残留有关。如雌激素、硝基呋喃类、砷制剂等都已被证明具有致癌作用，许多国家都已禁止这些药物用于食品动物。
2.1.4对胃肠道菌群的影响
正常机体内寄生着大量菌群，如果长期与动物性食品中低剂量的抗菌药物残留接触，就会抑制或杀灭敏感菌，耐药菌或条件性致病菌大量繁殖，微生物平衡遭到破坏。使机体易发感染性疾病，而且由于耐药而难以治疗。Mokhtar报道，感染血吸虫的27位病人，在用吡喹酮治疗前后对结肠的菌丛进行了评价，在治疗后的48h，需氧菌和类大肠杆菌记数有显著增加。
2.2细菌耐药性增加
近些年来，由于抗菌药物的广泛使用，细菌耐药性不断加强，而且很多细菌已由单药耐药发展到多重耐药。饲料中添加抗菌药物，实际上等于持续低剂量用药。动物机体长期与药物接触，造成耐药菌不断增多，耐药性也不断增强。抗菌药物残留于动物性食品中，同样使人也长期与药物接触，导致人体内耐药菌的增加。如今，不管是在动物体内，还是在人体内，细菌的耐药性已经达到了较严重的程度。据日本明治制药1996年统计，从动物分离的沙门氏菌，耐四环素的比例分别为：家禽10、猪58、牛85;耐链霉素的比例分别为：家禽8.8、猪44、牛34。刘永先等报道了1998年延安地区1230株临床分离菌对常用抗菌药物的耐药性。G 菌对青霉素的耐药率达98，对头孢菌素耐药率为10"20。G-菌对氨苄青霉素的耐药率为80，对头孢菌素的耐药率为30，对氟喹诺酮类药物的耐药率为10"20。李春梅等从临床标本中分离的耐甲氧西林葡萄球菌(MRS)对青霉素G、氨苄青霉素、头孢噻吩、庆大霉素、环丙沙星、林可霉素及红霉素均高度耐药。
现在人们很关注的一个问题是动物病原菌的耐药基因是否会传递给人类病原菌。因为已经证实，人与人之间、动物与动物之间均存在耐药基因的传递问题。如那些本身与抗生素没有直接接触，但却与正在或曾与抗生素接触的人是近邻的人，均发现携带有大量耐药质粒。而住在世界上从未使用过抗生素地区的人群体内，也发现了这些质粒。动物的情况也与人相似。而关于人和动物之间耐药质粒的传递问题，一直存在着争论。但有一些实验已经证实了耐药基因是可以在人和动物之间相互传递的。StuartLevy用携带标记耐氯霉素和四环素类药物pSL222-6质粒的鸟源大肠杆菌菌株感染了两只母鸡，然后他对曾与这些鸡有接触的人进行了两个月的研究，结果在两人中发现了上述质粒。Hunter等从应用阿普拉霉素多年的猪场的仔猪粪便、周围环境、牛舍、牧场主的粪便中分离到了对阿普拉霉素耐药的大肠杆菌，这些耐药菌株中都含有一个相似的大约为62kb编码对阿普拉霉素耐药的质粒，而且这些质粒可以相互传递。1997年日本发生O-157大肠杆菌风波及沙门氏菌中毒事件，后证明与畜禽致病菌及其耐药性有关。
2.3对临床用药的影响兽药残留给机体带来毒性，并使细菌耐药性增加，影响着临床常规用药，乃至引起病人的生命危险。主要有以下几方面。
2.3.1给临床诊治疾病带来困难
长期接触某种抗生素，可使机体体液免疫和细胞免疫功能下降，以致引发各种病变，引起疑难病症，或用药时产生不明原因的毒副作用，给临床诊治带来困难。临床上使用苄丙酮香豆素时，常可能导致出血。妇女常出现月经过多、经期紊乱、性功能紊乱等症，且久治不愈。引起这些病症的一个重要原因是肉食品中维生素E的残留，为维生素E可对维生素K产生拮抗作用所致。临床医生一般难以考虑到这一点。维生素E在畜牧生产中称为万能维生素，对于畜禽的生长、保育均有很重要的作用，投放量大，引起的残留量也大。肉制品、脏器及蛋中均有较多残留。
2.3.2抗菌药物失效，使医疗费用过高，社会负担加重
临床致病菌耐药性的不断增加，使抗生素的药效越来越低，使用标准给药剂量已经不能起到防病治病的作用，必须不断加大剂量才可能有效。而且，在治疗感染性疾病时，医生第一次开的抗菌药物往往失败，病人只好再试几种药物，使医疗费不断增加。辛西亚.吉伯特曾给一位肾病患者以种种抗生素，但令人绝望的是，无论何种片剂、胶囊或注射剂��从普通的氨苄青霉素到最优级的试验新药teicoplanin，病人的血液中仍然含有大量肠道球菌，肆无忌惮，这些细菌慢慢导致红细胞中毒，最后病人由于其血液受大量细菌感染而死亡。在动物养殖中，发生感染性疾病时，若试用几种抗菌药物均无效，不但加大了饲养成本，更由于病程延长，影响了动物的生产性能，使养殖利润下降，甚至血本无归。
2.3.3给新药开发带来压力
由于药物滥用，细菌产生耐药性的速度不断加快，耐药能力也不断加强。这使得抗菌药物的使用寿命也逐渐变短。要求不断开发新的品种以克服细菌的耐药性。细菌的耐药性产生越快，临床对新药的要求也越快。然而要开发出一种新药并非易事。以往，制药公司凭偶然发现新的抗生素。他们要求去异乡旅行的雇员把当地的泥土样品带回去。这样，待在总部的化学家们便可筛选出由土壤微生物制造出的抗生素。然而，土壤中的抗生素不是无穷的，寻找到新的抗生素越来越困难。近十几年来喹诺酮类药物的崛起，似乎使人们看到了战胜细菌的曙光，增强了人们通过化学合成和结构修饰找到新的抗菌药物的信心。但是，喹诺酮类药物的广泛应用，使细菌也很快产生了耐药性，在我国情况尤为严重。据估计，人大肠杆菌约有50产生了耐药性，动物比例则更高。研制化学合成抗菌药周期长，技术要求高，投资大，命中率低。1个新品种从开始研制到临床应用大约需要1亿美元以上。很多制药公司已不倾向于通过化学合成寻找新抗药物，转而把目光聚集到海底和原始丛林，重新搜寻天然抗菌药物。
新抗菌药开发的速度减慢，而细菌的耐药性不断加快，这是一种危险的倾向。
2.4兽药残留与环境
动物用药以后，药物以原形或代谢物的形式随粪、尿等排泄物排除，残留于环境中。随着世界各国环保意识的增强，人们越来越关注兽药在环境中的蓄积、转移、转化和对各种生物及人类健康的影响，并在国际上形成了一个新的研究热点。
绝大多数兽药排入环境以后，仍然具有活性，会对土壤微生物、水生生物及昆虫等造成影响。HamscherG[21]等报道，在用动物排泄物施肥的土壤的0"40cm的表层，检测到了土霉素和氯四环素的残留，其最大浓度竟分别高达32.3mg/kg和26.4mg/kg。Abdel-NasserM等研究了不同植物提取物中的药物残留对微生物的影响，分别用己烷、乙醚、甲醇和水提取了番石榴叶、大蒜尖、小麦秸杆、甘蔗叶等12种植物中的药物残留，除了每种植物的水提取物外，其它试剂提取物均有抗微生物效应，大多数植物的醚提取物的抗微生物效应最高，而且这些提取物对革兰氏阳性菌的抑制效应比革兰氏阴性菌强。DijekPV等发现，21种饲料添加的抗菌药物对土壤和水中的36种典型的微生物只有7种敏感，其他29种微生物对这些畜禽常用抗菌药都有天然的耐药性。环境对药物还有稀释作用。因此，抗菌药残留对环境微生物生态的影响应该很小。低剂量的抗菌药长期排入环境中，会造成敏感菌耐药性的增加。耐药基因不但可以贮存于水环境中，而且可以通过水环境扩展和演化。WollenbergerL等报道畜禽常用抗菌药甲硝唑、喹乙醇、萘啶酸、土霉素、泰牧霉素、泰乐菌素对甲壳细水蚤的作用，发现喹乙醇对甲壳细水蚤的急性毒性最强，对水环境有潜在的不良作用。Strong等报道了阿维菌素，伊维菌素和美倍霉素在粪便中能保持8周的活性，对草原中的多种昆虫及堆肥周围的多种昆虫都有强大的抑制或杀灭作用。
进入环境中的兽药残留，在多种环境因子的作用下，可产生转移、转化或在动植物中富积。StumpfM等检测了生活废水灌溉植物之后的流出液中的多种药物残留，各种药物残留的平均浓度范围多在0.1"1mg/L之间，药物随废水通过这些植物之后，其浓度下降了12"90，残留的药物继续进入河流，对河流造成污染，河水中药物的平均浓度范围在0.02"0.04mg/L之间，而最大浓度达到0.5mg/L。CoatsJR等通过模型生态系统的研究，发现己烯雌酚、氯羟吡啶在环境中降解很慢，但只有己烯雌酚可观察到生物富积现象;吩噻嗪很容易生物降解;而磺胺二甲嘧啶相对较易生物降解，只在一些生物中有低水平蓄积。