扇贝在养殖过程中，主要可能因为如下的原因导致部分扇贝死亡：
1.1 养殖密度过大 这是普遍存在的一个问题。养殖户片面追求单位面积的产量，多数采用高密度养殖的方法，每层网笼放 100～120粒，甚至更高。目前扇贝的养殖方法大多采用垂下式，水体交换能力差，大量的排泄物不能及时扩散，沉积在养殖筏周围的海底，并发生腐烂，产生有害物质(如H2S)。当风浪增大时，这些有害物质泛起，毒害扇贝。另一方面，养殖密度过高致使饵料生物骤减，扇贝因缺乏饵料，抗病能力和抵御环境恶化能力下降，导致扇贝大量死亡。
1.2 风浪影响 海区多台风，且集中在8～10月份，此时扇贝缺少足丝。由于风浪的冲击，扇贝在笼内滚动、碰撞，并且相互绞合，导致受伤、死亡。
1.3 繁殖的影响由于目前扇贝苗种大多出自于人工育苗厂，出苗期早，在海区生长时间长，到8、9月份性腺可以发育成熟，进入秋季繁殖期，此时用于生长的有机物质和能量减少，所以扇贝的体质比较差。当浙江海区出现"秋老虎"天气时(指秋季反常的气温骤然变化)，浅海区的水温变化大，导致扇贝大量死亡。我们在调查中发现，性腺发育好的较大个体死亡率偏高。
1.4 海区污染 由于城市污水的排放以及码头、船只倾倒物的增多，使海区日益污染，有些养殖区透明度低，且有大量油污，使水质恶化，扇贝的死亡率较高。
针对以上的死亡原因，可以考虑如下的预防措施 ：
2.1 采用合适的养殖密度养殖前要根据海区流速、水体透明度、饵料生物数量，以及苗种质量、养殖水平等条件而选择合适的养殖密度，规格1cm的苗种以每层笼放养60粒为宜，苗种长到2-3cm时，及时分苗，每层放养20粒；并设计合理的养殖布局，保持笼间距60～80cm。
2.2 加强养成管理 养殖期间(特别是台风季节)要定期检查养殖设施的安全性；及时清除浮泥和网笼、贝壳上的附着生物，充分利用水体溶解氧和饵料生物。
2. 及时调节养殖水层 平时养殖水层可控制在3m左右。在夏季高温期、台风季节及夏秋水体温差较大的时节，将网笼下沉1~2m，并紧固附石，或移至水较深的外区养殖。
2.4 实行贝藻问养、轮养，创造优良的生态环境 藻类的光合作用可以增加水体的溶解氧含量，改善扇贝的生长环境；而扇贝的排泄物有可提供藻类生长的营养物质；同时又充分利用了养殖空间，提高了综合经济效益。
