采收
木瓜树一般只有单一的主干，随树体高度的增长，其芽由低位向高位连续形成，从而，最低下位置的果实龄期最老。所以，果实在树干上的位置就提供了一个相对成熟度的指标。果实的采摘通常是根据果实颜色变化而进行。最基本的采摘成熟度为果实从成熟绿色（伸绿色）转变为淡绿色，此时整个果实的颜色稍有褪变，并在果顶处呈现出微黄色。作为贮藏及长距离运输的果实应在果实开始发生变色或在变色与1/4 果皮黄色之间采摘。如果采摘太早，果实不能后熟。采收时，若树体不高大，用手够得着果实时，采收者可站在地上采果；如果实着生位置较高时，则应用长柄采收剪摘取。采收最好用锋利的刀刃割断果柄，其效果好于用手扭断果柄。采后果蒂向下放人带有衬垫的盛装容器中，要防止各种机械损伤。采后损失与控制木瓜采后由于气候、病虫害和人为因素的不同，使新鲜木瓜采后损失很大。据报道，一般在海运途中，采后损失约10％~40％，即使空运损失也高达5％~30％。因此，番木瓜生产者必须予以充分注意。
木瓜采后由病菌引起的病害主要包括炭疽病和蒂腐病。其中炭疽病是木瓜产区普遍发生的采后病害，被侵染果实表面出现污黄白色或暗褐色小斑，水渍状，并逐渐扩大到直径5~6mm，病斑下陷，有时出现同心轮纹，其上出现许多小黑点，后期突破表皮，上有红色粘液状，最终变为褐色，腐烂部位成为硬化的圆锥形斑块，造成该病的病菌通常在田间果实发育早期便开始侵染，但该病原菌在果实达到呼吸跃变期前（即完熟期前）一直保持休眠状态，直到被侵染的果实开始完熟时才开始发病。
另外，蒂腐病是采后番木瓜贮藏中的又一种最常出现的病害，成熟果实开始在蒂部，呈灰黑色软腐状，逐渐扩大到整个果实腐烂，失去食用价值，该病主要是在果实收获时，病原菌通过切割的果梗侵入或通过果蒂的裂缝侵入，高温高湿会加速该病的发展。除了上述病害外，尚有褐斑病、干腐病、湿腐病和果腐病等。由于许多病原菌是在果实田间生长时已侵染，所以必须做好采前防治与采后杀菌相结合。对番木瓜来说，最好的防治措施是在结果时频繁喷洒代森锰锌或百菌清，在雨季每隔7~14 天喷洒一次，在旱季每隔14~30 天喷药一次，对整个果实和花都应喷洒。为了提高药剂覆盖面，应在药剂中加入表面活性剂，并应随时清除老叶与所有病果。而采后处理主要包括热水浸果处理、蒸汽热处理和熏蒸处理。热水处理是将木瓜置于48℃热水中浸泡20 分钟左右，再放人流水中冷却，可有效减少炭疽病的发生。采用热水处理应防止处理不当引起热伤害。另外，热处理后结合打蜡，可减少贮藏期间果实皱缩；蒸汽处理则分为两个步骤，首先将木瓜果实在温度44℃，相对湿度为40％的房间内预热6~8 小时后，然后改用相对湿度100％的高湿和48℃的高温空气处理4 小时，处理后立即用循环冷空气吹凉，该方法因为花费时间太长和容易引起伤害已基本不用。对于陆地长途运输和需要贮藏的木瓜果实则在使用热处理同时，必须配合杀菌剂和熏蒸联合处理，才可能获得良好的贮藏效果。杀菌剂可采用0.1％的特克多溶；木瓜采用熏蒸和热处理相结合可有效控制果蝇。即在热水处理之前或之后，采用二溴化乙烯按8g/m3 用量在熏蒸室内对木瓜熏蒸2 小时左右，如先热水浸泡，则在熏蒸完毕后须降温至25℃左右再熏蒸；反之，则在熏蒸完毕并通风后再热处理。近年来，生产上还使用辐照处理结合热处理效果也不错。其不仅可杀灭果蝇，对炭疽病也有抑制作用，还可延长采后寿命。
其做法是首先用48℃左右热水处理20 分钟，然后在流动的冷水中降温20 分钟，最后用750Gy 的辐射剂量照射。如在热水中加入0.08％~0.10％的杀菌剂效果更佳。另外，木瓜在贮温不适时也易发生冷害。木瓜在 5℃，一些品种甚至在10℃贮藏时就会出现冷害症状，即果实不能正常后熟，表皮凹陷，果肉不能正常转色，果肉组织内部积水，对病菌感染抵抗力下降等，从而使产品品质下降，造成经济损失。因此在冷藏中应根据不同品种确定与之适宜的贮藏低温，并尽量减少贮库温度波动。
包装
包装运输的木瓜宜选择大小一致、成熟度一致、重量为 0.5~1kg 的果实，采用瓦楞纸箱包装，每一个果实均套袋，果蒂向下，间填以纸纤维或木纤维等填充物，并每一包装中不宜超过两层；大批运输时，也可采用有衬垫的木箱或坚实的竹筐包装。贮藏 常温贮藏 如果只是临时短期贮藏或就近销售加工的，可以采用常温贮藏。库房只要求通风良好、清洁卫生即可。但经营者应注意的是番木瓜在夏天由于温度高，只需2~3 天便会后熟，冬天相对时间长一些。因此应合理组织销售。有时需催熟时，可按如下方法进行：在每一包装箱内，放人纸包上滴有水的电石少量，密封包装不让通风，经过1~2 天，果实即可转黄。此外，也可用2000mg/l乙烯利加两片氢氧化钠处理，24 小时内即可后熟。冬季采收的木瓜如果要运往北方，则需有防冷设施，以免发生冷害。
低温贮藏 如果需较长时间贮藏，则应低温贮藏。即将经热水浸泡、熏蒸或辐照处理后的木瓜，尽快转运到大约13℃的贮库中贮存。在此温度下，木瓜一般可以贮存2~3 周左右的时间，移到室温下后可正常后熟，不影响果实品质。另外注意低温贮藏木瓜最好在开始变黄的成熟阶段采收较合适，因为这个阶段果实对冷害敏感性较低。