油菜籽颗粒虽小，但皮薄肉嫩，胚成熟较早，在植株上就具有发芽能力，而且吸湿性强，成熟期温度高、雨水多，收获后保管不好很容易吸潮生芽，丧失食用价值。在不密封、温度高、湿度大的条件下堆放，安全水分8%的油菜籽短期内其水分含量就会上升到9%，导至发热霉坏。油菜籽含油量高达33%，籽粒导热性差，孔隙度小，含杂质多，堆积湿热不宜散发。当籽堆内水分高、室内温湿度大时，油菜籽极易发热生霉，而且来势猛、发展快，比任何粮食及其它油料作物的腐败变质现像都更为严重、突出。当油菜籽含水量为13%左右时，常无明显早期征兆即在一夜间温度突然升高10度以上，菜籽表面长满灰白色的霉菌。然后腐败程度进一步发展，皮色由紫黑变白、肉质变红、籽粒结块有酸败味、脂肪酸值增加、出油率下降，品质劣变。最后皮壳破烂、肉质呈白色。油菜籽完全失去经济价值。新收获的菜籽稳定性差，应加强管理，科学贮藏。
一、干燥除杂。油菜籽收打后应及时晾晒，把水分降至7%以下。晾晒后风扬过筛除杂，冷却后方可入仓。菜籽颗粒小、吸湿快、散热也快，晴天时摊薄勤翻，1天可降低水分含量5%到8%，且不影响出油率和发芽率。如遇久雨不晴，应用烘干的方法降低菜籽的水分含量，烘干时温度控制在40度到50度，干燥后清理除杂，减少杂尘，增加透气性。
二、合理堆存。干燥降水除杂后的油菜籽应根据加工要求和菜籽本身的情况合理堆放。含水量在10%以下准备加工榨油的，可堆2米高存放到高温多雨季节来临前，存放期1个月左右；水分含量在10%到13%之间的，矮堆或包装存放，此种菜籽只能保存1到3周，若想长期存放，应将菜籽的含水量降至8%以下。
三、密闭缺氧药剂贮存。需长期贮存的油菜籽，低温密闭贮藏的同时，进行缺氧和化学药剂处理，可控制生芽、生虫、发热和霉变。具体方法是：用塑料薄膜严密封闭仓面或容器口，由于菜籽的呼吸作用，2到3周内可明显降低容器内氧气含量，积累二氧化碳，抑制菜籽本身和害虫、霉菌的活动。若结合用药，每立方米投入磷化铝片6到9克，可杀灭和抑制害虫与霉菌的繁殖，避免变质。
