红薯含水量高，组织幼嫩，皮薄易破损，易受冷害和感染病害而发生腐烂，应注意加强对其贮藏期的管理。
烂窖原因：
一是冷害。是指薯块长期处于9℃以下低温，新陈代谢活动受到破坏。一般在窖温8-9℃下10天，或窖温5-6℃下6天，或窖温2-3℃下3天，均易产生冷害。
二是冻害。温度下降到-1.3-2℃时，就易产生冻害。受冻害或冷害后，易引起病菌侵入，造成大量烂窖。
三是湿害。贮藏初期气温较高，薯体呼吸旺盛，薯堆内水汽上升，遇冷时凝结成水珠，受湿害易使薯体腐烂。
四是病害。贮藏期造成烂窖的主要病害有黑斑病、软腐病、干腐病和线虫病4种。
防治烂窖的综合措施：
红薯收获应掌握在当地旬平均气温降至14-15℃时为宜，一般在11月上旬立冬前后收获，抢晴天收挖。在操作时，要注意精收细运，尽量防止挖伤、擦伤、撞伤。进窖前，刮去窖壁旧土，用石灰浆涂抹处理。窖底铲除陈土15厘米厚，清除陈土后，撒上
层石灰，用硫磺熏窖。每立方米用硫磺50克，点燃后封闭窖口熏1-2天，再打开通气孔。窖内喷洒1%硫酸铜溶液或甲醛50倍液，也可用甲醛与高锰酸钾混合，密闭熏蒸。
红薯进窖后，切忌封窖过早，注意通风散热，防止烧窖，保持15-20℃的温度和90%的相对湿度。冬至以后，寒潮频繁，气温较低，应注意保温防寒，使窖内堆温保持12-13℃左右为宜。立春后，天气时冷时热，气温变化无常，而此时红薯开始萌动，抗性减弱，容易腐烂，因此，天气转暖时应及时通风降温。