常温贮藏蒜薹，保质期只有10-15天。单独利用O℃的低温，可以贮藏两个月。如果低温加气调（氧气2%-4%,二氧化碳6%-8%）,则5-6月收获的蒜薹，可贮藏到元旦甚至春节。
贮藏前要用漂白粉200倍液或其他通用杀菌剂喷洒墙壁、浸洗用具。也可在甲醛中加入高锰酸钾，关闭库门密封熏蒸24小时，再打开通风。消毒后库房连续开机保持O℃。
白皮品种、沙壤中生产的蒜薹最耐藏。当薹茎长出顶生叶并向一旁弯曲（也称打钩）绕一圈为适宜采收期。
有三种贮藏方式可供选择：
1.普通塑料袋贮藏蒜薹收获后要尽快在O℃下预冷，边预冷边整理，将蒜薹按0.5-1千克捆成一把，装入60厘米x100厘米的聚乙烯（厚度0.06-0.08毫米）包装袋内，每袋15千克。装袋时薹梢一律朝向袋口，严禁头尾混装。等蒜薹的温度降到0±0.5℃时扎口。严格控制库内温度在0±0.5℃，相对湿度80%-90%.为防止袋内氧气太少、二氧化碳太多，贮藏期间须定期放风。一般贮藏前期（入贮至9月）,每10-15天放风一次，时间4小时；中期（10-12月）每8-12天放风一次，时间8小时；后期（12月以后）每8天放风一次，时间24小时。在包装袋放风前后，库房要彻底通风。开袋放风的时间不能单凭经验定，最好用仪器测定袋中气体成分，氧不低于2%,二氧化碳不高于10%.蒜薹距冷风机要在l米以外，以防受冻。为防止薹梢霉腐，可在入库后或8月上旬用250倍多菌灵喷梢。
2.硅窗袋气调法用厚0.06-0.08毫米的聚乙烯薄膜制成60厘米x100厘米或70厘米x100厘米的包装袋。其上分别镶嵌FC-8布基硅橡胶膜（即硅窗）70-80平方厘米或96-110平方厘米，装量分别为15和20千克。将蒜薹入库、预冷、整理、捆把、装袋、扎口，方法及注意事项同塑料袋小包装法。扎口前在袋内放人克霉灵，可防薹梢发霉，5千克蒜薹用1毫升克霉灵。控制库内温度在0±0.5℃，相对湿度80%-90%.用硅窗袋贮藏能自动调节袋中的气体成分，不须开袋放风，既安全又方便、省工。山东德州蕴绿集团抬头寺冷藏力旺厂生产的硅窗袋，每袋可装蒜薹20千克。哈尔滨北方保鲜研究所也有生产。
3.薄膜大帐贮藏先在地面上铺0.02毫米厚的薄膜，再在上面摆菜架，架上放蒜薹，每层高20-30厘米。等温度稳定在0℃时，套上厚度0.02毫米的薄膜帐。帐的大小因贮藏量而定，帐的周边与地面所铺薄膜重叠，卷好，压紧，密封。定期测定帐中的氧和二氧化碳浓度。当氧的浓度降到2%时，打开大帐两头预先做好的筒形袖口，通入空气。用抽气机可加快通风换气。如果二氧化碳高于8%,可通过袖口放人生石灰包，吸除过多的二氧化碳。