芝麻的安全储藏主要取决于水分和温度。据经验,芝麻水分在7%以下,杂质不超过1%,堆高2米,粮温较低的条件下,可以安全过夏;水分不超过8%时,在秋、冬季能做短期储存,但开春后应抓紧降水。但种用芝麻的水分必须在7%以下,粮温以25℃以下为好,最高不要超过30℃。
芝麻容易发生印度谷蛾、粉斑螟等蛾类及书虱和螨类等害虫的为害。农村少量的芝麻在3月份以前,可风晾一次后利用缸、坛、箱、柜低温密闭储藏,也可用草木灰压盖保管。这样不仅防虫效果明显,而且对保持芝麻的含油量、出油率和油脂品质都有良好效果。