一定选择高燥、宽敞、通风、干净、不漏雨雪的房间存放，地面要垫上硬纸板隔潮。雨雪后及时检查，有问题及时补救。
籽棉要晒干至12个水分以下，较长时间的保存水分要晒至10~11个水分，防止发热变质。
不同级别的籽棉要分开存放，不要混堆。
不要在贮棉室的邻屋生火做饭或生炉子取暖，避免烟熏降低籽棉品质。
棉花要自然堆放，不要踩压，保持棉堆内的空气流通。
尽量不要用塑料制品覆盖，严禁狗猫进入，以免增加"三丝"的混入，降低籽棉质量，宜用纯棉布包或边角缝严的苫布覆盖。
贮棉室要在晴天定期开窗通风。定期测量棉堆内的温度，如发现升温，即有发生霉变的可能，应立即开堆晾晒。