低温可使百合呼吸作用缓慢，能量消耗减少，茎秆生命活动减弱，乙烯的产生也受到抑制，从而延缓衰老过程，同时还可避免切花变色、变形及减缓病菌的繁殖。冷藏保鲜可分为湿藏和干藏两种方法。
1.湿藏将百合切花放在有水或一定保存液的容器中贮藏。保存液中主要含有杀菌剂、糖、乙烯抑制剂和生长调节剂等。这种贮藏方式不需要包装，但湿藏法需占冷库较大的空间。湿藏法只用于正常销售、小批量或短期贮存的切花。贮藏温度为1℃至2℃，最长贮藏时间为4周。
水质对切花湿藏效果有较大的影响，尽量不用自来水，因为自来水含盐量高，以使用去离子水或蒸馏水最好。此外，还应注意水质清洁，切花的茎和叶通常会被来自土壤或水中的微生物污染，它们会在贮液中或花茎导管中繁殖，而堵塞茎的吸水作用，加速切花萎蔫。某些化学制剂和紫外线可以控制水中微生物的生长，如次氯酸钠就是一种很好的消毒剂，它一旦与有机物接触，就释放出游离氯，有强烈的杀菌作用。
2.干藏在贮藏之前、对切花进行包装后。贮藏于0℃至1℃冷库中，可以贮存6周，且贮存切花质量好，也节省贮藏空间，适于大批量贮存的需要，但包装切花需要较多的劳力和包装材料。如果采用气密型薄膜包裹切花，随着包装内切花的呼吸，内部二氧化碳浓度升高，氧气浓度下降，形成所谓的改良气体，则有利于切花贮藏，其贮藏期比一般非密封膜包装延长。