棉花种子种皮厚而坚硬，且被短绒包裹着，导热性差，在低温干燥条件下贮藏，寿命可达10年以上。但如果水分和温度较高就会使棉花种子的呼吸作用加强，不仅消牦养分，而且还产生水分和放出热量，导致种子堆发热霉变，降低活力。
一、棉花种子贮藏前的准备工作
1.棉花种子的准备。①选择饱满成熟的霜前棉花种子。饱满成熟的棉花种子种皮结构致密而坚硬，外有蜡质可防御外界温、湿度的影响，种皮内含有约7.6%的鞣酸物质，具有一定的抗菌作用，耐藏性好。未成熟的棉花种子不耐贮藏。②剔除破损粒、霉烂粒，病虫粒。③严格控制棉花种子安全入库标准：水分不超过 11%～12%,净度不低于99.5%,发芽率在80%以上。这三项指标中有一项达不到即为不合格棉花种子，不能入库贮藏。
2.仓库的准备。①仓库使用前应该全面检查，确定仓库门窗关闭是否灵活，隔热和密封效果是否完好，监控仓库温、湿度的仪表是否能正常工作等。②清仓和消毒：清仓不仅将仓内不同品种的棉花种子、杂质、垃圾等全部清除，还要清理仓具、输送管道以及铲除仓外的杂草等；空仓消毒可用敌百虫或敌敌畏等处理。
二、棉花种子贮藏期间的管理工作
1.温度检查，入冬以后，水分在11%以下，每隔5～10天检查1次，12%以下则应每天检查。温度检查应在仓内的不同方位、不同层次定时定点进行。
2.通风，通风必须根据仓库内外的温度和相对湿度而定。当外界温、湿度均低于仓内时，是通风的最佳时机，此时通风既可降温又可排湿；当仓外温度与仓内温度相同，而仓外湿度低于仓内或仓内外湿度基本相同，或仓外温度低于仓内时，也可以通风，前者以散湿为主，后者以降温为主。
3.定期检测棉花种子质量。贮藏期间要定期检查棉花种子质量，以便及时了解棉花种子的贮藏情况，检测通常包括棉花种子发芽率试验，水分测定、游离脂肪酸测定、健子率测定，如发现问题应及时解决，如加强通风、晾晒、倒仓等。
4.防火。棉籽有短绒，本身含油量又高，遇到火种就容易引起燃烧。所以要严禁火种接近棉花种子仓，仓库周围也不要堆放易燃品。工作人员进仓离开时要及时关闭电源。