甘薯贮藏是甘薯生产中的重要环节，甘薯体积大，水分多，组织柔嫩，在收获、运输、贮藏过程中，容易碰伤薯皮，增加病菌感染机会，同时薯块水分散失快，降低了块根的贮藏性；甘薯不耐低温，容易遭受冷害和冻害而引起烂窖。所以必须抓好收获、运输、贮藏过程中的每一个环节，才能保证甘薯安全贮藏。
一、适时收获。一般地温18℃开始收获，腾茬种麦的“寒露”前后收获，留种用的夏薯“霜降”前收获，食用薯稍晚些，但一定在枯霜前收完。种用薯和食用薯宜在晴天上午收获，中午在田间晾晒，然后严格选薯，剔除在田间遭受水浸、冷害、冻害、破伤、带病的薯块，精选后于当天下午运回窖内贮藏；另外，从收获到贮藏的过程中，要轻拿、轻放、轻装、轻运，以免碰伤薯皮。
二、贮藏窖的准备。不管是哪种窖型，都要有良好的通气设备，较好的保温防寒功能，还要结构坚固耐用，管理方便。窖址要选在背风向阳、地势高燥、地下水位低、土质坚实和管理、运输方便的地方建窖。甘薯入窖前，将新窖打扫干净，旧窖消毒灭菌。消毒方法是，可将窖壁及窖底刮去3-4厘米，以除掉附在窖壁上的各种病菌，并在窖底撒一层生石灰；也可用硫磺熏窖，一般每立方米空间用硫磺10克，点燃后封闭1-2天，之后放出烟气。消毒灭菌后，将窖底铺上6-10厘米厚干净细沙，上面再铺放5厘米厚的秸秆或柴草，紧挨窖壁再竖向摆放5-7厘米厚的秸秆，以防湿保温。
三、适时入窖。甘薯要随收获随入窖，堆放时要轻拿轻放，不损伤薯皮，薯堆中间每隔1.5米竖立一个直径10厘米左右的秸秆把，有利于通风、散湿、散热。贮藏量一般占窖空间的2/3为宜。
四、贮藏期间的管理
1、贮藏前期管理：从薯块入窖到封窖。此期甘薯呼吸旺盛，温度高，湿度大，管理上以通风降温散湿为主，防止薯块糠心、发芽和病害浸染蔓延。薯块入窖后温度保持在20℃左右，促进薯块伤口愈合，7天之后打开窖门及通风口，通风降温散湿，使窖内温度降至15℃，空气相对湿度保持在85-90%。如果白天窖外温度高，可将窖口用苇席或草帘遮盖，也可昼关夜开。若遇霜冻，注意防寒。当窖温稳定在14-15℃时进行封窖。
2、贮藏中期管理：从封窖到来年气温开始回升。此期经历时间最长，而且正处在最寒冷的季节，同时薯块呼吸减弱，产生热量少，是薯块最易遭受冷害的时期。管理上以保温防寒为主，将窖温保持在12-14℃，不低于10℃，防止薯块遭受冷害。封窖时薯堆表面铺盖30厘米左右厚的干草，有利于薯窖的保温和防寒；也可在通风口正中放一把直径10厘米的秸秆，既有利于窖内外气体交换，又可防止外界冷空气大量侵入。
3、贮藏后期管理：从气温回升、大地开始化冻到薯块出窖。此期随着外界温度的不断回升，窖内温度开始升高，薯块呼吸逐渐加强，加之经过长期贮存，对不良环境的抵抗能力下降，管理不当容易使薯块遭受冷害、病害浸染造成腐烂。所以这一时期管理以稳定窖温为主，将窖温维持在11-13℃，适当通风、散热、散湿。对贮藏量大，湿度大的窖，气温升至11℃时，晴天中午打开通风口，通风散湿，傍晚及时关闭。若遇寒流，应做好防寒保温工作，但也要防止窖内温度过高引起烂薯或发芽。
甘薯在贮藏期间要测定、记载窖温、堆温和检查贮藏情况，发现腐烂，及时清除。进窖时，先试以灯火，灯火不灭时，才能进窖检查。