1985年，我国引进了第一条果冻生产线，产品一经面市就以其独特的口感，浓郁的果香味以及新颖的包装形式赢得了广大消费者，尤其是少年儿童的青睐。十五年来，经过广大厂家的辛勤开拓，果冻已在全国城乡家喻户晓，成为年产过百亿元的大宗商品。但是，随着人民生活水平的提高，人们对果冻的要求越来越高；但是，果冻的菌落总数、大肠杆菌超标问题时常发生，严重影响了果冻的卫生质量。
专业从事食品杀菌消毒技术研究和设备开发的上海康久消毒技术有限有限公司市场部孟伟洪经理认为，采用卫生质量良好的原料及科学的加工工艺、使用动态连续杀菌技术和动态空气消毒机，则可有效控制微生物对果冻食品的二次污染、提高食品卫生质量。
按照GB 19299-2003《果冻卫生标准》规定：果冻菌落总数≤100cfu/g、大肠菌群限量指标≤30MPN/100g，霉菌≤20cfu/g，酵母≤20cfu/g；其中沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄菌等不得检出。其加工流程为：原料混合—煮胶—调配－灌装、封口－杀菌－冷却－包装－成品－上市销售，经过一系列加工步骤，如何保证果冻微生物不超标？
据上海康久消毒技术公司孟伟洪经理介绍：食品污染受制于内源污染，即原料本身所携带的微生物；外源污染，又称二次污染或交叉污染，指生产器具、生产环境、人员、包装材料等给产品造成的污染。随着《新食品安全法》的正式实施后，内源污染基本可以做到制度规范、流程可防可控；但外源污染，目前很多没有掌握其中的要点。
果冻行业问题及解决办法：
1、近年来果冻明胶事件，果冻噎死孩子的事件不断曝光，果冻本身的安全性越来越被人们所怀疑。由此看出，果冻的食用方法急需改良。
2、果冻的产品原料和营养价值不被大众熟知，广大消费者却认为果冻是由明胶、防腐剂、色素及糖精做成的不健康、不安全的食品。果冻企业需要投入大量广告向消费者宣传果冻的生产原料、生产工艺、及卡拉胶的营养价值等。
3、果冻产品跟风严重，产品创新及营销创新不足，多数企业没有自己的特色主打产品。目前市场上的很多果冻，不同的品牌的果冻种类都差不多，从口味，包装，甚至名称都大同小异。相同的果冻造型、果冻上面类似的图案几乎都有一个水果、几乎相同的单品名称。
4、很多消费者认为吃果冻很费劲，不容易撕开果冻的封口。需要借助剪刀来剪刀开封口。另外果冻的汁液容易溅出来并将手弄脏。这也同时涉及到果冻的食用方法及包装的改良问题。
5、果冻产品一开始都是针对儿童的，导致品牌名称都往儿童身上靠，喜之郎、金娃、蜡笔小新等，都明显带有儿童食品的品牌痕迹。
6、小部分品牌的果冻食品菌落总数存在超标现象，主要是缺乏卫生意识，环境及设备清洁没有标准、没有公示、没有培训、没有奖惩，往往过于形式只要产量达标、面子上过得去即可，导致机器内的微生物过多；果冻加工厂的车间密封性不好，墙壁、屋顶布满灰尘，车间内的空气含很多微生物，机器自动包装时遭受了空气中微生物的污染（即二次污染）。
针对以上问题，可以采用动态消毒技术。何为动态消毒技术呢？一种人机同场作业的消毒方式：针对空气消毒时人员无需离开消毒场所，即在有人工作情况下杀灭空气的细菌，不存在任何的副作用。消毒过程为：在工人上班的时候开机，中午工人吃饭休息时持续开机，在工人下班的时候关机，整个过程就是一个动态消毒的过程。因此，此种消毒方式称之为NICOLER动态杀菌技术。
据悉，上海康久消毒技术有限公司所研发的动态空气消毒机——这是国内第一个真正意义上的食品企业专用的动态消毒设备。为克服食品车间高温、高湿及高异味等特点，该设备采用最新的NICOLER三级双向的等离子体灭菌腔工作原理，消毒过程为：通过高压直流脉冲使得等离子灭菌腔产生逆电效应，生成大量的等离子体（灭菌因子）。在负压风机的作用下，空气中污染空气被抽进机内通过等离子灭菌腔时，带负电细菌被迅速分解灭杀，整个的杀菌过程就0.1秒，使受控环境保持在“无菌无尘”标准。
目前，该动态消毒技术已在泉州、上海、南京、温州等地的4000多家食品企业应用，应用的食品包括肉制品、糕点、饮料等，并取得了良好的杀菌效果。该公司孟伟洪经理表示：为了与更多的果冻生产企业交流，可免费设计平面图纸及编制技术方案；采取采取多种营销措施，向更多的果冻企业提供这种性能优越的杀菌消毒设备和应用技术，保障食品安全，助果冻远离微生物二次污染。