污染食品的微生物种类很多，如细菌、霉菌、酵母菌等。微生物可以直接或间接地通过各种途径污染食品，并不断地利用食品中的丰富营养进行侵入、生长繁殖，最后导致食品发生腐败变质，甚至可以引起食物中毒。
糕点含有丰富的碳水化合物、蛋白质、矿物质、维生素等营养成分，也是微生物的良好培养基。糕点一旦遭受微生物污染，则微生物会在糕点中迅速生长繁殖，从而导致糕点的卫生安全质量不合格，引发糕点发霉变质等问题。如何预防微生物对食品的污染，一直是食品保鲜科技人员研究的课题。
专业从事食品保鲜技术开发的上海康久消毒技术中心的技术人员周立法先生认为，糕点保鲜是个系统工程，只有先了解清楚糕点霉变的原因，然后采取对应的措施，才能有效预防糕点霉变问题的发生，才能切实保障糕点的安全质量。要预防糕点霉变，应从原料、包装、杀菌设备、生产环境卫生、人员卫生、工艺流程、生产技术等方面加以改进，如采用动态杀菌技术、选用密封性能良好的包装容器、提高生产车间的空气卫生质量等。
多种途径会导致微生物污染糕点等食品，空气污染是微生物污染糕点的一个重要途径，暴露在不洁净空气中的食品肯定会受到微生物污染。除空气污染外，其他因素也会导致微生物污染糕点等食品。
导致糕点卫生安全质量不合格的原因具体表现如下——
1.配料选择不科学。这里又包括几方面：1）固体原料用量太少，致使最终产品中的水分含量过高，有利于微生物生长繁殖，而对延长糕点产品的保质期不利。2）没有科学选用防腐保鲜剂。由于糕点生产使用多种原料，且污染源有多种，所以，污染糕点的微生物也有多种，如细菌、霉菌、酵母菌等。如果仅仅使用单一的防腐保鲜剂，很难起到良好的防腐效果。只有针对不同糕点的微生物污染特点，添加相应的复配防腐保鲜剂，才能有效抑制糕点中每种腐败菌的生长繁殖，才能起到良好的保鲜效果。
2.烘烤设备设计不科学。目前，糕点企业采用的烤箱大多是一面开门，没有根据卫生规范来设计，糕点生坯和烘烤后的熟坯都从一个小门进出，容易产生交叉污染。
3.冷却和包装区的环境卫生质量差。糕点的冷却和包装要求在洁净度非常高的车间内进行，要设立专门的洁净区。如果洁净区和其他的区域没有分隔开的话，则细菌等微生物会源源不断涌向冷却和包装区，将会污染糕点。
4.生产工艺不合理。一些糕点企业在生产工艺流程设计方面，缺乏科学的规划，没有将拌料间和烘烤间完全隔断，致使生料中的粉尘飞到烘烤间，导致生料和熟料直接接触、前后工序交叉污染。
5.包装容器不卫生。糕点多用塑料袋、复合铝塑袋、塑料罐等容器包装，如这些容器被微生物污染，则糕点极易霉变。
6.生产设备、工器具没有严格消毒。
7.生产人员身体携带了致病菌或病毒。
8.生产人员的手、头发、衣裤、帽子等身体表面肮脏。
9.车间空气质量差。如食品车间内粉尘较多、空气污浊，则空气中的微生物会污染待包装的食品。
值得一提的是，空气污染往往是导致糕点发霉变质的重要原因。包围我们的空气中含有许多微生物，但因空气的环境条件对微生物生长不利，所以，有些微生物在空气中不易存活；在空气中存活的是一些非常顽固的微生物，特别是耐干燥和耐紫外线强的微生物，如细菌中的芽孢杆菌以及酵母菌和霉菌的孢子等。这些微生物可附着在尘埃上或被包裹在微小的水滴中，之后悬浮在空气中。
空气中的尘埃越多，污染的微生物也就越多；室内空气中微生物含量的多少与室内气候条件、人员密度以及室内外的清洁卫生状态有关。空气中有时也会含有一些致病性微生物，有的来自地面，有的来自人或动物的呼吸道，如结核杆菌、金黄色葡萄球菌等一些呼吸道疾病的病原微生物，可以随着患者口腔喷出的飞沫小滴、散布在空气中。
空气中的微生物经常会随着尘埃的飞扬，将微生物带到食品表面。同时，人体的痰沫、鼻涕与唾液的小水滴中所含的微生物包括病原微生物等。有人在食品车间内说话、咳嗽或打喷嚏时，人体的微生物会直接或间接污染食品。人在说话或打喷嚏时，人体附近是微生物的直接污染区，大的水滴可在空气中悬浮30分钟之久，小的水滴可在空气中悬浮4～6小时。
上海康久消毒技术中心的周立法先生认为，为预防微生物对糕点的污染，应从多方面采取应对措施：1.选用卫生合格的原辅料。2.采用合理的配方。3.采用科学有序的生产工艺，将搅拌间、烘烤间、冷却间和包装间严格分隔开，避免交叉污染。4.对生产设备、工器具、工作人员及其穿戴物进行严格的消毒。5.对车间的地面、墙壁和天花板进行清洁。6.选择性价比高、便于食品安全控制的烤箱等糕点生产设备。7.对车间空气进行杀菌消毒，以提高空气的洁净度。
据食品保鲜专家介绍，在面包、饼干、蛋糕、月饼等糕点的质量控制过程中，关键控制点包括焙烤、冷却、包装这三个环节。
焙烤的过程其实是糕点产品熟化和灭菌的过程，在产品刚从烤箱中出来时，因存在热辐射，糕点周围会形成一个保护层，一般来说，空气中的细小尘埃不会落到产品上。因温度很高，即使空气中的一些微生物降落到食品表面，也不容易存活。但随着温度的下降，食品表面的热保护层会很快消失，此时食品开始进入不安全阶段，空气中的微生物将开始污染食品，这个问题在食品的冷却环节显得非常突出。糕点企业应开始对产品进行特别保护，以预防有害微生物的侵染。在这个环节，可使用动态杀菌技术，对空气进行杀菌消毒，以提高空气的卫生质量，从而预防空气中的微生物对糕点的污染。
动态杀菌技术也称NICOLER杀菌技术，是指人机可同场同步作业的一种杀菌方式，在对空气杀菌消毒时，工作人员无需离开杀菌场所，对人体健康没有危害，此种杀菌方式称为动态杀菌。上海康久消毒技术中心采用NICOLER杀菌技术，成功开发了“NICOLER食品动态杀菌机”，该杀菌机的作用是对食品车间进行杀菌消毒，提高车间内的空气的卫生质量，从而提高糕点等食品的安全质量。
做好糕点车间生产环境的卫生工作，有利于降低空气中的含菌量、预防食品腐败变质。动态杀菌机是一种先进的食品杀菌设备，对人体健康没有危害，主要用于在有人工作的情况下，对食品生产车间、卤菜加工间、餐饮消费场所的环境等进行同步动态杀菌消毒。
