近年来，节省能源、安全可靠、效果好、成本低的包装食品杀菌技术相继得到开发和应用，大大促进了包装食品的生产与发展。
辐照杀菌技术
辐照杀菌技术是利用放射线同位素钴60、铯157产生的T射线或低能加速器放射出的D射线对包装食品进行辐照处理。加拿大、以色列、法国、日本等国家普遍使用放射物质钴60，它放射出的强力r射线可彻底摧毁细菌的遗传因子，彻底破坏它们的生理活性，使用高剂量时几乎可以消灭任何细菌。
辐照完全杀菌：将密封包装后的食品以2500千拉德～5000千拉德辐照，能使所有损坏食品的致病性微生物死灭，从而达到商品消毒目的。辐射前可在食品中加入食盐和三磷酸钠等，能减少食品的水分损失，又能增强射线对细菌的杀伤能力。经辐照完全杀菌法处理后的牛肉、鸡肉、火腿、猪肉、香肠、鱼虾等在常温（21℃～38℃）下能贮藏2年以上，可保持色香味俱佳。
辐照消毒杀菌：剂量100千拉德～1000千拉德，可有效地限制有损大众健康的生物及致败性微生物生长，能有效清除对高蛋白质食品（如肉类、乳制品、蛋制品）危害极大的沙门氏菌，也能杀死冷冻食品深处的沙门氏菌。辐照食品安全可靠，辐照食品从未发现有放射性物质残留，能保持原有质量和色香味。辐照食品的优点是贮藏期长，照射一次可保鲜数年，既杀死细菌，又抑制与延缓食品本身的新陈代谢，消除了食品变质根源。辐照杀菌后可节省大量能量。任何食物用辐照法杀菌后仅采用普通包装便可贮藏，省去大量制罐，冷冻冷藏等材料以及能量。辐射保藏已可代替部分冰箱。
紫外线照射：紫外线照射是利用紫外线杀伤目标微生物的DNA，使之发生化学变化，形成嘧啶二聚物，以破坏遗传因子而失去繁殖能力或死亡，杀菌效果以250rim～260rim最强。国外研制的强力紫外灯，照射强度达200mW/cm，为高性能紫外线装置。对包装材料杀菌安全有效。
固体表面杀菌器：将包装好的食品通过传送带，送入照射轨道内，用杀菌灯灭菌处理，然后用传送带送出。适用于塑料薄膜包装的食品，要求包装材料用光线穿透率好的聚乙烯或聚丙烯塑料薄膜。
紫外线杀菌液体杀菌器：可分2种，有外部照射的外部照射式和让水及液体从内部流过的内部照射式。经照射后，杀菌效果可以从初始细菌浓度达到零细菌浓度。
美国先后开发了系列产品，放射量比过去大数十倍的紫外线已经实用化，已可逐渐用于透射。紫外线杀菌如配合加热、过氧化氢、热柠檬酸溶液、乙醇、超声波等处理方法，效果则更好。
微波杀菌
微波杀菌就是用微波使水分子发生振动，利用分子产生的摩擦热进行杀菌，适用于导热不良的食品和因加热而易降低品质的食品，亦适用于以塑料类等包装的蔬菜汁、肉汤、清凉饮料和咖啡饮料等食品，能在包装原状下，短时间内从食品中心加热杀菌，还能防止二次污染。微波杀菌只适用于霉菌、酵母菌、大肠杆菌等不耐热的微生物，但对附着在食品背面，水分含量低的食品和无水分、诱导小的塑料或玻璃上的微生物，因温度不能充分提高，效果不显著。微波加热法有烤炉或导管式两种，后者应用于处理液体，液体流过斜贯于导管的玻璃管中被加热。
无菌包装技术
无菌包装技术是经过杀菌、冷却的无菌食品在无菌状态下，充填到预先杀菌过的容器中，经过密封而能长期贮藏的包装技术。
近10年来，无菌装罐由流体发展到固体，包装材料由金属罐向包装材料推移，无菌包装技术在欧美、日本等国迅速发展，广泛应用于牛乳为主的乳制品，果汁、布丁、肉、酸奶、鲜奶等。无菌装罐设备由空罐杀菌、充填、罐盖杀菌、封罐四部分构成，空罐210℃～220℃杀菌45S后进入无菌室时，从其下部喷射无菌水使空罐冷却，一般采用的是槽流式装罐机连续装罐。
日本的MM无菌充填装置是将苯乙烯塑料薄膜用双氧水杀菌后，加热成形膜冲压成环状容器，自动定量充填，用密封膜封口，落料膜切断，用于布丁、果酱、冰淇淋、牛乳、果汁等无菌充填。
在无菌包装过程中，除对包装用材料、包装食品消毒杀菌外，对车间、工作机械、空气，整个操作都需清洁无菌，彻底实现微生物控制的生产管理和流通管理。无菌包装系统包括食品的杀菌和无菌充填密封两大部分。食品杀菌通常采用高温短时杀菌（HTST法）和超高温瞬间杀菌（UHT）。美国饮用牛乳70%都用纸包装，用后可弃，处理简单。
国际上典型的无菌包装装置有美国Dole公司的无菌装罐，用于金属罐包装的流体、胶体和含有固形物的食品，如多种布丁、炼乳、酱状食品。