由于棚室蔬菜的连年种植，致使在土壤中、架材上、棚室墙壁上都有大量的病原菌，并使一些病害的发生越来越重，尤其是土传病害，因此采取合理的棚室消毒技术，对减轻和避免棚室蔬菜病害的发生有着极为重要的作用。
1、硫磺消毒：在定植或育苗前，每亩用硫黄3公斤加6公斤碎木屑，分10堆点燃，密闭棚室熏蒸一夜，然后打开棚膜放风3-5天。但生长期应慎用，以防药害。
2、福尔马林（含甲醛37-40%的水溶液叫做福尔马林）消毒：播前2-3周，将床土耙松，按每亩用400毫升药剂加水20-40公斤（视土壤湿度而定）或其150倍液浇于床土，用薄膜覆盖4-5天，然后耙松床土，两星期后待药液充分挥发后播种。在定植或育苗前对棚室进行消毒，300毫升福尔马林兑等量水，加热可熏蒸37-40立方米容积的棚室，熏蒸6小时，然后通风换气两星期。
3、高温闷棚：定植前一个月，将温室内外的残枝败叶等清理干净，集中烧掉或深埋。温室内土壤深耕后浇大水，结合浇水每亩温室施用速效氮肥20-30公斤，然后用地膜覆盖地面，并用旧棚膜将温室扣严，进行高温闷棚。利用太阳光高温消毒，此时土壤温度可达60-70℃，可有效地杀死土壤中的部分病菌，还可加速病残体的腐烂。
4、苗床药剂消毒
⑴营养钵育苗。可选择连续多年未种过茄果类蔬菜的肥沃园土和充分腐熟的优质厩肥作床土原料，按土肥比2:1的比例配制。对于立枯病、黄萎病、枯萎病、菌核病等，可外加50%多菌灵或70%甲基托布津；对于猝倒病、腐霉菌、茎基腐病、疫病等鞭毛菌亚门的病害，可加66.5%霜霉威（普力克）水剂；兼防以上病菌，可加50%乙磷铝、8%恶霉灵水剂或40%五氯硝基苯粉剂。其用量皆为每立方米床土80克，用土、肥、药充分混匀后制成的药土进行营养钵育苗。
⑵上铺下垫法。根据病害发生的种类，也可每平方米用4-5公斤细土混以上药剂10克，将土、肥、药充分混匀后制成药土，1/3撒于苗床面上，2/3播后盖在种子上面。但应注意，播后必须使苗 床保持湿润，以免产生药害。
5、土壤消毒：定植或育苗前，根据病害发生的种类，每平方米可用以上药剂8-10克，与干细土拌匀后撒施，并耙入土中，消灭菌源。