酶是生物细胞产生的有催化活性的蛋白质，一切生物细胞中所发生的各种化学变化，几乎都是在酶的催化下进行的。把酶从产生这种酶的细胞中分离出来，并保持其催化活性的制品，就是酶制剂。
酶制剂在果蔬加工中应用范围很广，例如：
1.用于除果胶，提高出汁率和澄清果蔬汁
果蔬中的果胶是植物细胞的间隙物质。果胶具有很高的黏稠度，它的存在给榨汁、过滤和澄清带来困难。使用果胶酶处理，可以大大提高榨汁收得率和果汁澄清效果。
由于果胶酯酶与聚半乳糖醛酸酶的协同作用，使果胶降解，黏度下降，只需较短时间，悬浮物即沉淀而完成澄清过程。同时它可做果浆处理剂，将果浆中的果肉液化变成流质。用果胶酶处理的果汁即使浓缩也不会凝聚成冻，故可制作浓缩果汁。
2.用于柑橘类水果的果汁脱苦形成柑橘类果汁苦味的物质主要是柚皮苷和柠碱。通过柚苷酶的作用，可以将柚皮苷水解成无苦味的鼠李糖、葡萄糖和柚皮素；通过柠碱前体脱氢酶的作用，在NAD＋或NADP＋存在时，可以使柠碱前体脱氢。将酶加在橘汁中，经30～40℃作用一小时可脱苦。
3.用于带果肉橘子汁防止白浊生产柚苷酶的黑曲霉也产生橙皮苷酶，可将引起白色浑浊的、橘肉带来的橙皮苷分子中的鼠李糖与葡萄糖切下，成为水溶性橙皮素。将橘肉置于酶液中保温半小时，可使橙皮苷溶解除去。
4.用于果汁脱色花青素酶可切去花青素的葡萄糖苷键引起自发开环而成为无色物质。如用花青素酶处理桃酱、葡萄汁可使之脱色。
5.用于橘子囊衣的脱除加工橘子砂囊，一般用酸碱处理脱去囊衣，并排出大量废水。从黑曲霉中筛选出来的内切型聚半乳糖醛酸酶等具有很强的脱囊衣作用。
6.用于果蔬保藏瓶装橘汁贮藏时，因光线照射而生成过氧化物，促进氧化，使色泽和风味变坏，若用葡萄糖氧化酶、过氧化氢酶去氧，可保持食品原有色、香、味。用葡萄糖氧化酶还可防止水果冷冻保藏时的发酵变质而达到保鲜效果。
7.用于分解有害胶体改进超滤效果用多酚氧化酶或蛋白酶，可使超滤截留物中不含澄清剂，使之作为用于食品加工的纤维源。
8.用于减少果汁中所含氧气和葡萄糖，改善果蔬汁香气和风味用葡萄糖氧化酶减少果汁中氧气和葡萄糖。β—葡萄糖苷酶可改进某些果汁的香气构成。美国研究利用蛋白酶水解小麦面筋生成香料；用脂肪酶水解脂肪生成香料。如用适当工艺将风味酶添加到加工过的果蔬汁中，可使果蔬汁恢复原来新鲜的风味。只要食品中存在合适的底物和作用条件，添加某种风味酶就可产生某种风味。