南瓜含有丰富的淀粉，且维生素、氨基酸及钙、硒等多种人体必需的微量元素含量较高，具有特殊的药用价值，利用发酵方法酿制的南瓜酱油除具有普通豆类酱油的色泽、香气及鲜味外，还具有较高的保健价值。
1.选料。将皮黄发亮的成熟南瓜，在阴凉处堆放5天，使瓜内淀粉转化为糖分。洗干净后，将南瓜切成5瓣，把瓜瓣抠出来，并切去瓜柄、瓜端的硬厚皮。
2.蒸晒。把干净的南瓜肉切成小块，晾晒1～2天后上蒸笼蒸，当蒸汽上升到笼顶后，再蒸30～50分钟，蒸熟蒸透。将蒸好的南瓜倒在筛子或簸箕中，按2%～3%的比例撒上面粉，搅匀后铺放在席上，厚约5厘米，最后在上面盖一层干净的纱布或棉纸。
3.发酵。将搅拌好的原料放在房内经过5～7天发酵，原料上面渐渐长出一层白毛，3～4天后白毛变成黄花、红花或绿花，如有黑花应除去，此时揭去纱布或棉纸，放在太阳下迅速晒干。
4.酿制。将发酵的干料放入瓷缸内，然后每100千克干料加入600千克5%的食盐水，置于阳光下曝晒（日出揭盖日落加盖）,每天搅拌3～5次，7～8天后，散发出芳香的酱油气息，此时加入冷开水至原来水位，再曝晒10～15天即可用纱布过滤，除去酱油内的余渣及杂质。
5.调配。取花椒、胡椒、八角、桂皮各0.2千克，老姜0.6千克，食盐2千克，加入100千克食用水内煮沸1～2小时即为调味液。将酱油过滤液与调味液按1∶1的比例混合后煮开，搅拌稍冷后加入少许味精和0.05%的柠檬酸，充分搅拌均匀，即为成品南瓜酱油。