之所以一再强调生产中的预防，是因为预防的效果远远优于只治不防。在食用菌生产中，投入一份资金和精力用于病虫害的预防，其效果要比投入三份资金和精力防治效果好得多，所谓“防患于未然”的好处在这里体现得淋漓尽致。
在实际生产中，一般可采取“药物高温闷棚”的方法杀灭菇棚中的病原，即去掉棚外草苫等覆盖物后，对棚内喷洒克霉灵等杀菌剂，然后密闭通风口等，使之接受日晒，在高温作用下，药剂分子高速活动，并在高温条件下很快得以释放和分解，迅速、高效杀灭病菌，并可最大程度降解，避免残留。一般新建菇棚，用药一次即可达到目的;老棚或病菌基数较高的地区，可以隔2～3天再用一次药，密闭两天后，即可启用。
两个概念：对症下药，高效低残
对症下药包括两个方面，一是药剂要对症，针对生产中发生的病害种类，采用对症药剂杀灭。在实际生产中，不少菇农不管什么病害，也不论是否对症，只要听说是杀菌的，拿来就用，往往因药不对症，而延误了最佳防治时机，使得“小病变大病，大病成绝症”。二是药剂用量要适当，不可过量用药。一般播种前堆料及菇棚物料消毒用药范围和浓度相对大一些，播种后及出菇前用药浓度要严格控制在安全范围之内，子实体阶段浓度应更低一些。如用辛硫磷加杀螨剂防治螨类害虫，堆料至出菇前用500倍液，而子实体阶段必须用药时应降低浓度为1000倍液。
高效低残是指要选用高效低毒低残留的药剂，禁用剧毒农药。常用的杀菌剂有多菌灵、百菌清、克霉灵、代森锌、甲基托布津、波尔多液、石硫合剂和硫黄粉等;常用的杀虫剂有辛硫磷、敌敌畏、敌百虫、杀灭菊酯、磷化铝、杀螨特等。也可使用微生物制剂。无论是拌料、堆料或是菇棚防治，严禁选用剧毒、残留期长的有机汞、有机磷类药剂。不同药剂交替施用可避免病菌、害虫产生抗药性而降低药效。
三个区别：菇棚内外、基料内外、预防和治疗的区别
菇棚内用药，除调配基料营养，用赛百09拌料外，尚应在发菌及出菇期间每隔5天左右喷施一次低浓度的百病傻、赛百09等予以预防，用药重点是地面、墙体以及通风口等，不得对子实体直接用药;棚外则可用多菌灵、百菌清等药剂进行杀菌。
拌料不要用多菌灵、硫菌灵类药剂，以防残留;堆料或拌料场所同棚外环境，可用多菌灵、克霉灵等处理。
预防用药一般采取低浓度、经常性的策略，而发生病害后，则应采取高浓度、一次性杀灭的办法，以防止死灰复燃，药剂可选择百病傻、消霉王等。