柚贮藏病害分真菌性病害和生理性病害两大类。
1．真菌性病害
(1)青霉病和绿霉病 青霉病菌(penicillium italicum wehmer．)和绿霉病菌(penicilliumdigitatum sate．)使果实发病过程和症状很相似，初期出现水渍状淡褐色圆形病斑，病部果皮变软腐烂，后扩展迅速，用手按压病部果皮易破裂，病部先长出白色菌丝，很快就转变为青色或绿色霉层。两病症状区分。 青、绿霉病菌均可以在各种有机物质上营腐生生活，并产生大量的分生孢子扩散在空气中，通过气流传播，萌发后的孢子必须通过果皮的伤口才能侵入危害，引起果实腐烂。以后在病部又能产生大量的分生孢子进行重复侵染。在贮藏库中，青霉病菌侵入果皮后，能分泌一种挥发性物质，将接触到的健康果果皮损伤，引起接触传播，而绿霉菌则不能。
(2)黑腐病(alternariacirri pierce) 此病在果实上有两种症状类型。一种是果皮先发病，外表的症状明显，病菌由果皮侵入果肉，引起果肉腐烂。另一种是果实外表不表现症状，而果心和果肉已发生腐烂。前者是由于果皮受伤后，病菌从损伤处侵入而引起发病，初期在果皮上出现水渍状淡褐色病斑，扩大后病部果皮稍下陷，长出灰白色菌丝，很快转变成墨绿色的霉层，病部果皮腐烂，果肉变质味苦，不能食用。后者是由于病菌在幼果期侵入，潜伏在果心，以后病菌在果实内部扩展并引起果心和果肉腐烂，而外表无明显的症状。
(3)蒂腐病[phomopsiscitri(fawc．)wolf)]又名褐色蒂腐病，症状主要特征为环绕蒂部出现水渍状，淡褐色病斑，逐渐变成深褐色，病部渐向脐部扩展，边缘呈波纹状，最后可使全果腐烂。患病果皮较坚韧，手指按压有革质柔韧感。由于病果内部腐烂较果皮腐烂快，因此，当外果皮变色扩大至果面1／3～2／3时，果心已全部腐烂，故有“穿心烂”之称。
(4)焦腐病(diplodianatalensis pole-evans) 又名黑色蒂腐病，果实发病多自蒂部或近蒂部伤口开始。病部呈黑色病斑，后蔓延全果并进入果心。腐烂果实常溢出棕褐色粘液，剖开病果可看到腐烂后的果心和果肉变为黑色。
(5)疫菌褐腐病[phytophthora citrothora(smith et smith)leonian] 果实感染后，表皮发生污褐色至褐灰色的圆形斑，很快蔓延至全果。病果有强烈的皂臭味，在干燥条件下病果皮质地坚韧，在高湿条件下病果长出白色绒毛菌丝。此病在贮藏期传染甚速，在窖内可以使全窖腐烂，在木箱内全箱腐烂。
(6)酸腐病[oospora citri—aurantii(ferr)sacc] 病菌从伤口或果蒂部入侵，病部首先发软，变色为水渍状，极柔软，易压破，在温度适宜的情况下，患部迅速扩大，侵及全果。果实发病腐败后，产生酸臭味，表面长出白色、致密的薄霉层，略皱褶，为病菌的气生菌丝及分生孢子，烂果最后成为一堆溃不成形的胶粘物。
(7)炭疽病(colletotrichumgloeosporioides penz．) 症状有干痕、泪痕和腐烂三种不同的类型。干疤型症状多出现在果腰部位，病斑圆形或近圆形，凹陷，黄褐色或深褐色，病部果皮成革质或硬化，病变组织限于果皮层。泪痕型症状是在阴雨蒙蒙或潮湿的条件下，大量的分生孢子从果蒂流到脐部，病菌侵害果实表皮层而形成红褐色或暗红色的条状痕斑，仅影响果实外观，病菌不侵入白皮层。腐烂型症状主要出现在贮藏期，多从果蒂部或靠近果蒂部位开始发病，初为淡褐色水渍状，后变为褐色而腐烂。病斑的边缘整齐，先果皮腐烂而后引起果肉腐烂。
真菌病害的防治要从栽培管理抓起，做好果园的病虫害防治；搞好果树修剪，要通风透光，清除病虫果、枝、叶，减少病源；加强肥水管理，使树体强壮，果实抗病性强。果实采后进行防腐药剂处理， 目前用得较多的防腐剂有多菌灵、托布津、苯来特、抑霉唑、仲丁胺等。目前杀菌剂对青绿霉病的防治都比较有效，而对其它病害的效果不一。
2．生理性病害
(1)褐斑病 病变多数发生在果蒂周围，果身有时也有出现。初期为浅褐色不规则斑点，以后颜色逐渐变深，病斑扩大；在低温条件下，病斑以蒂部为中心发展成为不规则的环形，每环之间有些地方相连，有些地方明显分开。病斑处油胞破裂，凹陷干缩，病变部位仅限于有色皮层，但时间长了，病斑下的白皮层变干，果实风味异变。
防治方法：①果实采收不宜过晚，应适当提早采收，可以减少贮藏期发病；②适当控制贮藏库中的温度、湿度和二氧化碳含量。使库温10℃左右、相对湿度85%以上，库内二氧化碳含量不超过4%，氧气含量不低于10%。
(2)枯水 枯水的果实外观完好，果肉汁胞变硬、变空、变白、缺汁而粒化；或者汁胞干缩缺汁。果皮变厚，白皮层疏松，油胞层内油压降低，色变淡而透明，脆裂，易与白皮层分离。中心柱空隙大，囊壁变厚。果实风味变淡，严重枯水的果实食之无水无味。条件下病果皮质地坚韧，在高湿条件下病果长出白色绒毛菌丝。此病在贮藏期传染甚速，在窖内可以使全窖腐烂，在木箱内全箱腐烂。
防治措施：对柚类果实枯水，目前还缺乏十分有效的防治措施。采前加强果园的肥水管理；采前喷20ul／l赤霉素；适期采收；适当延长预贮时间；提供适宜的温湿度贮藏；这些措施可以减轻果实枯水的发生。