国外菜籽的加工大部分是先将菜籽脱壳后，冷溶制油，壳作能源，脱壳的饼粕进一步深加工制成分离蛋白或浓缩蛋白及饲料。国内几乎都是带壳预榨后浸出制油，带壳榨油所得的毛油还需要加酸、加碱、脱色、脱臭等处理进行精制，在精制过程中大部分磷脂等营养成分作为下脚料除去了。由于中国目前油菜品种尚未双低化(低芥酸、低硫苷)，所以还需要饼粕脱毒、毛油精制等工艺处理。为了解决饼粕带毒的问题，国内外不少学者作出了努力，一是通过培育低硫苷品种，二是将高硫苷菜籽饼进行脱毒处理，目前有蒸煮脱毒、酶解脱毒、坑埋脱毒、堆放脱毒等方法，但用这些方法脱毒的菜饼颜色发黑、蛋白变性、营养价值也大大降低。
另外，菜饼中除硫苷有毒外，还存在植酸、多酚类(单宁)等有毒物质．含有植酸等抗营养性物质的菜饼，有刺激性气味，作饲料畜禽的适口性差；多酚类物质还与蛋白质容易形成致密的不易腐败的不透水的鞣质，从而影响蛋白质的吸收。不少学者研究从菜饼中提取浓缩蛋白或分离蛋白的技术，但很难形成产业化，原因就是植酸和单宁与蛋白的紧密结合，使浓缩蛋白产品中含有更高含量的植酸和单宁，蛋白质只有55％～62％转化为分离蛋白质。