虫害鼠害污染 虫害可造成饲料营养损失，或在饲料中留下毒素。在温度适宜、湿度较大的情况下，螨类对饲料危害较大。鼠害不仅会造成饲料损失，还会造成饲料污染，传播疾病。
微生物类污染 饲料滋生黄曲霉菌、赤霉菌和镰刀霉菌等有害微生物，会产生黄曲霉毒素、赤霉素、赤霉烯酮等对畜禽有害的毒素。其中黄曲霉毒素的毒性最强。
抗营养因子污染 饲料中的抗营养因子主要有蛋白酶抑制因子、碳水化合物抑制因子、矿物元素生物有效性抑制因子、拮抗维生素作用因子、刺激动物免疫系统作用因子等。它们的存在会干扰畜禽对饲料养分的消化、吸收和利用。
有害化学物质污染 主要包括农药污染、工业“三废”污染、营养性矿物质添加剂污染等三类有害化学物质。
非营养性添加剂污染 抗生素、激素、抗氧化剂、防霉剂和镇静剂的作用，对预防疾病、提高饲料利用率和生长速度有很大作用，但若不严格遵守使用原则和控制使用安全用量及停药时间，药物及其代谢产物会在肉、蛋、奶中残留，并通过畜禽排泄物污染环境。
加工过程中产生的毒物交叉污染 加工工艺控制不当，饲料中成分复杂的添加剂在粉碎、输送、混合、制粒、膨化等特殊的加工过程中会发生降解反应、氧化还原反应等，生成一些复杂的化合物。
此外，饲料生产过程中的混杂污染也是影响饲料卫生和质量的一个重要因素。因此在饲料加工生产过程中要注意清扫设备，避免饲料在输送及混合过程中分解和残留。