烘干可采用烘箱、烘笼、烘房，或用炭火热风、电热以及红外线等热源进行烘烤，使菇体脱水干燥。温度保持在60℃~65℃，控制温度上下波动不要大于7℃。如采用烘房烘干时，应隔5~6小时打开进出气孔通风排湿，烘干后装袋储藏。
利用太阳光作为热源进行干燥，将金针菇平铺在向南倾斜的竹制晒帘上，相互不重叠，冬季需加大晒帘倾斜角度以增加阳光的照射。鲜菇摊晒时应轻翻轻动，以防破损，一般需2~3天才能晒干。晒干后装入塑料袋中，迅速密封后即可储藏。最好是晒至半干再进行人工烘烤，具体情况应根据天气状况、光照强度、菇体水分含量等恰当掌握，否则，菇体会扭曲、变形、变色。