1.泥藏法：选地势高燥、背阴的露天场地，用砖垒砌成坑。在坑底铺厚约5厘米的经日晒消毒过的潮湿、细软泥土。挑选无病、无伤的大个带泥慈姑放入坑内，每层达到目的~4个球茎高度厚即盖一层薄泥。这样一层泥一层慈姑，直至离坑口10厘米左右为止。最后在坑顶以厚土覆盖，并将坑面培成馒头形，以利排水，坑周围挖排水沟以防积水。如遇暴雨，应及时加盖芦席或油毡以免泥土流失，影响贮藏。泥藏也可在室内进行，方法与露天泥藏相似，但无须开沟排水。值得注意的是，泥藏的慈姑必须在清明前全面翻动，切去顶芽后，最好移至地下室继续泥藏，因为地下室温度相对低而稳定，有利于延长贮藏期。
2.水控堆藏法：是指在仓库、营业棚等处，利用流水带走慈姑呼吸所产生的热量，并保持较高湿度的堆藏慈姑的一种方法。慈姑每堆放500公斤左右时，中间应放一通风筒，然后盖上草包或蒲包并浇水湿润。一般每隔4~5天浇1次水。遮盖的草包或蒲包应经常更换，以锡滋生霉菌而引起慈姑腐烂。气温在15℃左右时要多浇些水，以利慈姑的热量及时散发；气温在10℃以下时，应拿掉湿草包，换上干草包，以免慈姑受冻。为便于浇水和防止积水，水控堆藏的场地要求既能就近取水，又有阴沟能排水流畅。也可利用缸、砖坑等作容器，水控贮藏慈姑。其操作和管理方法与水控堆藏要求相似，但容器底部要开有出水洞以利排水。
水控贮藏慈姑时，要注意保持慈姑堆内稳定的高湿度，既要避免积水，又要防失水或忽干忽湿。积水会引起慈姑水胖病，表皮生有水胖性黑斑，若不及时处理，就会腐烂变质；过分干燥，会造成慈姑脱水、萎缩，降低品质；忽干忽潮，会减弱慈姑的抗病力和耐藏性，容易导致腐烂。