1.药种一定要与其他种子如草种、粮种等分开存放，避免混杂。贮存前要彻底清除药种中的茎、叶、杂草、泥土等杂物。贮存房间应进行常规消毒，严防药种受到污染。
2.控制好水分。含油类多的药种的水分应控制在8%～9%,一般种子应控制在12%～13%.水分过高，药种极易霉变。
3.贮存药种的最佳温度为10℃左右，温度过高易使种子呼吸旺盛，会消耗自身贮存的营养，降低发芽率。
4.药种应用砖木垫高，离地面50厘米以上，不可直接放在地面上，否则药种易受潮而使发芽率降低。贮存时应注意通风换气。
5.药种不可用塑料袋密封。因塑料袋不透气，种子被迫进行无氧呼吸，会产生酒精和有机酸等有毒物质，使种子无法发芽。
6.药种不可与农药、化肥一同存放，不可受到烟气熏蒸，还要注意防止老鼠等的侵袭。