1.严格控制水分
玉米种子收获初期，含水量较高，经过一段时间的自然风干或机械烘干，使种子含水量逐渐地降下来。含水量必须降到种子所要求的安全水分，也就是含水量必须降到14%以下，种子才能够安全过冬。如含水量过高，种子内部各种酶类就要进行新陈代谢，呼吸能力就要加强，遇到过低的温度时，种子就要受到冻害，部分或全部丧失发芽能力，第二年播种到田间就会出现出苗不全或完全不出苗。
2.注意提高种子质量
如种子中含有较多的不成熟或破碎的种子，以及其它大量的尘土杂质等，都会给种子安全贮藏带来不良后果，在贮藏中一定要注意保持种子的纯度和净度。
3.严格控制温度
种子含水量达到安全水分的要求，种子成熟度好，这样的种子可长期贮藏在干燥的冷库里，而不影响其发芽能力。如果玉米种子含水量在14%以上，就要采取有效的管理措施，要保存在温度零摄氏度以上的环境里，一直到来年播种，温度都不得低于零摄氏度。低于零摄氏度，种子就可能受到冻害，丧失发芽能力或发芽能力降低。
4.保持通风良好
玉米种子具有明显的吸潮性，即使是干燥的种子，遇到雨淋、雪的覆盖或烟气的熏蒸，都会出现反潮现象，也会降低玉米种子的发芽率。所以必须垫底防潮，要把装有种子的麻袋或其它容器用木料或砖垫离地面50厘米以上，室内要保持干燥通风良好，即使种子经常处在干燥的状态中，也要经常进行人工通风。放在外面存放的种子，要用遮盖将顶部盖严，防止雪盖。
5.严禁用塑料袋装种子
因为塑料袋不透气，会使种子和空气隔绝，种子不能进行呼吸作用，同时，种子呼出的一氧化碳也无法排出，时间长了，袋子里的二氧化碳积累过多，造成二氧化碳中毒；另外，种子本身的水分和呼吸作用所产生的热量散发不出去，造成种子发热霉变。
6.贮藏期间要定期检查
根据不同季节，对保存方法、含水量、温度、发芽率等情况进行定期检查，重点检查3个方面：一是检查种子是否受潮湿；二是检查种子是否被虫蛀、鼠咬；三是检查种子的发芽率和发芽势。因种子冬贮时间是较长的，在整个种子贮藏过程中，种子自身的含水量受空气的温度和湿度的影响，都可能发生较大的变化。定期进行检查是必不可少的。