防潮 防潮的方法有多种，如药材量较多，可集中存放在密封箱；如量较少且药材较一般，可存放在冰箱内；但若是较贵重的药材，如虫草、鹿茸等，可先用密封袋封装或防潮纸包裹，放入米缸底部（方法简单，但非常实用）.
如果发现药材已经受潮，就应尽快晒干，或者用干净的锅文火烘、炒，除去水分。贵重药材，则可先平铺，盖上防潮纸或干净的薄纸，用高瓦数白炽灯照射除去水分，再用上述保存方法存放即可。
防霉 空气中存在大量的霉菌孢子，而药材的营养含量高，并有一定水分，在适当的温度下，孢子散落药材表面，就会吸收药材养分，萌发菌丝，并分泌酵素，进一步破坏药材。
一般情况下，药材能做好防潮工作，就基本上不会发霉。但在春季，还应减少药材的移动次数，取出药材后应立即封存好，尽可能减少药材周围的空气流动。
发现药材有霉变现象，首先应除去菌丝。通常用软毛刷或抹布沾开水擦拭，能沾水的药材也可直接用水洗，不便刷洗的，可混米糠簸动撞去菌丝，再用与除潮相同的方法处理，但应把时间加长，以有效灭除药材表面孢子。
防虫 引起虫蛀的主要是药材原有残存的虫卵，当温度达到一定程度就可以孵化，有些蛀虫无须药材含有水分，可分泌出酶，分解药材内部物质，以得到生长所需的水分，同时引起药材变质。
防虫关键是保存前的处理，高温下烘炒能有效杀灭虫卵，但不能炒制的药材 ,放进冰箱保存也是有效的方法。当药材发现虫蛀，一般情况下药材内部破坏已是较严重了，建议不要再食用。如掰断药材发现虫蛀不严重，除虫后应尽快使用，因为再保存下去还会发生虫害。