由于青花菜的食用部分是幼嫩的花蕾、花梗和嫩薹，呼吸代谢十分旺盛，因此，不耐储藏，采收后要及时处理。青花菜花球采收标准是，手感花蕾粒子开始有些松动或花球边缘的花蕾粒子略有松散时，花球发育到一定大小，一般直径为15厘米左右，花球表面紧密略平滑、无凹凸时为采收适期。
一、简易储藏保鲜。采用花菜专用袋，用乙烯吸收剂（按果实重的0.1-0.2%）吸收花菜在储藏过程中释放的乙烯气体，可以延缓后熟和衰老。用化学保鲜剂如1%瓜菜保鲜剂、1号保鲜剂、克霉灵处理花球，可防止腐烂。用该法储藏青花菜两三个月，商品率仍达95%以上。
二、药剂处理保鲜。不论是采前喷6-苄基腺嘌呤溶液还是采后浸6-苄基腺嘌呤溶液，均能延缓青花菜的黄衰。选择成熟、大小一致的花球，用浓度为40毫克/公斤的6-苄基腺嘌呤溶液喷雾，晾干后用0.04毫米PE薄膜进行单花球包装，放在塑料筐中，置于冷库的货架上，冷库温度为1℃±0.5℃，空气相对湿度为85-95%，可储藏2个月绝大部分花球仍保持绿色。
三、薄膜包装冷藏。包装青花菜，可用60厘米×32厘米×30厘米的纸板箱，箱内衬入0.04毫米厚的聚乙烯塑料袋，花球装入后扎口密封，并打两个小孔。每箱装青花菜10公斤。青花菜在包装前须经预冷，储藏适温为0℃，相对湿度95%。采收后，立即将青花菜降温至1℃，并用0.03毫米厚的聚乙烯薄膜对单个花球密封包装，可储藏30-45天，保鲜、保绿效果良好，好球率在90%以上。
四、速冻保藏。速冻时，将花球先行预冷降温，再清洗，除去表面灰尘、异物和农药。然后切成小块，放在浓度为2%的食盐水池内浸泡10-15分钟，取出在清水中冲洗，再在95℃以上的沸水中漂烫，捞出立即放入3-5℃的冷水中漂洗冷却，再捞入竹筐或除水器中沥净水。用塑料袋包装，每袋0.5-1公斤，置瓦楞纸箱内，每箱20-25公斤，送入冷冻机，待其中心温度达到-18℃时为止。冷冻后将其置于-18℃处保藏。食用前需将其置于冰箱、室内、冰水或温水中缓慢解冻，然后烹调。
五、气调储藏。10%的二氧化碳、1%的氧气及5℃温度下的气调储藏，能延长新鲜青花菜的货架寿命。
六、防腐储藏。在储藏库内采用烟熏或熏蒸方式防腐，并喷洒浓度为60毫克/升的茶多酚溶液，可防止青花菜褪绿黄化。将青花菜装入黑色聚乙烯薄膜袋中，将袋口扎紧后进行储藏，也能延迟转黄时间。
七、假植储藏。在背风向阳处挖一宽0.8米、深1-1.5米的储藏沟，沟长不限。选择晚熟品种，将带有尚未成熟的幼小花球的青花菜植株假植在沟内，用叶子压住花球。储藏前期，沟顶晚上加盖草席，早上揭开，使白天沟内温度为17-20℃，晚上不低于0℃。后期加盖塑料薄膜，四周用土压严，白天揭开草席，晚上盖严，使沟内温度白天维持在1℃，夜间不低于0℃。储藏时要适时放风、浇水。
八、冷藏保鲜运输。运输青花菜，要求用冷藏车或冷藏集装箱。装车前要将箱体温度降到0℃。装卸时间要快，运输过程中箱体内的温度要严格控制在0℃。没有冷藏储运设备的，可于采收后及时在包装箱内加冰块降温，加冰量占箱总体积的1/3至2/5，并且要尽快运至目的地。运输过程中温度不宜高于4.5℃，否则小花蕾会很快黄化。